超级增强子lncrna（se-lncrna）是一类由超级增强子区域转录而来的lncrna。该lncrna与超级增强子一起，调控特定细胞谱系发育和身份决定过程中的基因表达。se-lncrna与多种疾病有关，许多病理性表型都伴随着se-lncrna表达水平的显著变化[1-3]。se-lncrna表达水平检测对于研究超级增强子活性、功能机制和疾病相关性都十分必需。arraystar se-lncrna芯片可同时对se-lncrna以及受其调控的编码基因进行全面、系统的表达检测。arraystar se-lncrna芯片目前包含人和小鼠两个版本。
aksomics（原康成生物）是arraystar中国区唯一代理商，独家为您提供arraystar公司超级增强子lncrna芯片全程一站式技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，aksomics的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。同时，根据您的研究需要，aksomics还提供各种深入数据挖掘服务。
| 服务 | 芯片 | 规格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| human se-lncrna 芯片服务 | arraystar human se-lncrna microarray | 8 * 15k | se-lncrnas (7753） mrnas (7040) |
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mouse se-lncrna芯片服务
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arraystar mouse se-lncrna microarray | 8 * 15k | se-lncrnas (8222) mrnas (6385) |
参考文献
1. bradner je, hnisz d, young ra: transcriptional addiction in cancer. cell 2017, 168(4):629-643.[pmid: 28187285]
2. alvarez-dominguez jr, knoll m, gromatzky aa, lodish hf: the super-enhancer-derived alncrna-ec7/bloodlinc potentiates red blood cell development in trans. cell rep 2017, 19(12):2503-2514.[pmid: 28636939]
3. xiang jf et al: human colorectal cancer-specific ccat1-l lncrna regulates long-range chromatin interactions at the myc locus. cell res 2014, 24(5):513-531.[pmid: 24662484]
4. vucicevic d et al: long ncrna expression associates with tissue-specific enhancers. cell cycle 2015, 14(2):253-260.[pmid: 25607649]
5. hon cc et al: an atlas of human long non-coding rnas with accurate 5' ends. nature 2017, 543(7644):199-204.[pmid: 28241135]
6. soibam b: super-lncrnas: identification of lncrnas that target super-enhancers via rna:dna:dna triplex formation. rna 2017, 23(11):1729-1742.[pmid: 28839111]
强大而可靠的se-lncrna收集与鉴定方法
● lncrna信息来自arraystar公司所专有的高质量的转录组与lncrna数据库
- 收集整理了refseq, ucsc knowngene, gencode, lncrnadb, rnadb, nred和lncrna catalogs等权威数据库中的lncrna
- 收集了注释完善、经过实验验证和有pubmed索引的“金标准”lncrna
- 手动收集了权威期刊上新出现的lncrna
● 超级增强子区域信息来自dbsuper数据库
● mapping到超级增强子区域的lncrna被鉴定为se-lncrna
图1.arraystar se-lncrna芯片内容收集流程图
一块芯片同时检测se-lncrna及其靶基因的表达水平，可直观、精确的找到二者之间的调控关系
针对特定的外显子或剪接区域设计探针，特异性的区分se-lncrna的不同isoform（图2）
灵敏度高，可检测到细胞中的单拷贝转录本
图2.探针#2可特异性的检测isoform ccat1-l
提供超级增强子、超级增强子lncrna与其靶基因的详尽注释信息
图3.se-lncrna注释信息示例
人se-lncrna芯片参数
| 探针总数 | 14873 |
|---|---|
| 探针长度 | 60 nt |
| 探针挑选策略 | 挑选针对se-lncrna特异外显子或剪接位点的探针 |
| 探针特异性 | 转录本特异性 |
| 标记方法 | 使用高效的线性扩增方法来产生荧光标记的crna，灵敏检测低拷贝转录本 |
| se-lncrnas & super-lncrnas检测数目 | 7753 |
| se-lncrnas靶基因检测数目 | 7040 |
| se-lncrnas来源 | - 从arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncrna和可靠性高的lncrna，然后与dbsuper数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncrna被鉴定为se-lncrna。 - 从文献[4, 5]收集增强子lncrna，若该增强子位于超级增强子区，则被认为是se-lncrna。 |
| super-lncrnas 来源 | super-lncrna是指与超级增强子区域形成rna:dna:dna三螺旋的lncrna，可招募调控因子至超级增强子区，从而影响染色体结构，并作为空间放大器，促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。主要收集于文献[6]。 |
| se-lncrna靶基因来源 | 与se-lncrna基因组位置重叠或在其转录起始位点50 kb以内的refseq基因被收集为se-lncrna靶基因。这些基因还包含了来自tf checkpoint数据库中的3153个转录因子基因与来自bushman lab数据库中的1448个癌症相关基因。 |
| 芯片规格 | 8 * 15k |
图4.arraystar公司人se-lncrna芯片内容。
小鼠se-lncrna芯片参数
| 探针总数 | 14637 |
|---|---|
| 探针长度 | 60 nt |
| 探针挑选策略 | 挑选针对se-lncrna特异外显子或剪接位点的探针 |
| 探针特异性 | 转录本特异性 |
| 标记方法 | 使用高效的线性扩增方法来产生荧光标记的crna，灵敏检测低拷贝转录本 |
| se-lncrnas检测数目 | 8222 |
| se-lncrnas靶基因检测数目 | 6385 |
| se-lncrnas来源 | 从arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncrna和可靠性高的lncrna，然后与dbsuper数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncrna被鉴定为se-lncrna。 |
| se-lncrna靶基因来源 | 与se-lncrna基因组位置重叠或在其转录起始位点50 kb以内的refseq基因被收集为se-lncrna靶基因。这些基因还包含了来自tf checkpoint数据库中的2883个转录因子基因与来自sbcddb数据库中的593个癌症相关基因。 |
| 芯片规格 | 8 * 15k |
图5.arraystar公司小鼠se-lncrna芯片内容。
1.样品总rna抽提
若实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的rna抽提试剂trizol（invitrogen），匀浆后抽提rna。
若实验对象为细胞样品，每份样品取1×106~1×107细胞，完全吸去培养液后加1ml的rna抽提试剂trizol（invitrogen），裂解后抽提rna。
2. rna质量检测
使用nanodrop测定rna在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。
使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测rna纯度及完整性
3. cdna样品合成和crna标记
4.标记效率质量检测
使用nanodrop检测荧光标记效率，以保证后续芯片实验结果的可靠性。
5.芯片杂交
在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
6.图像采集和数据分析
使用genepix 4000b芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
7.提供实验报告
芯片扫描图
实验方法中英文报告
rna质检报告
芯片数据结果报告，包括差异表达se-lncrna列表，差异表达基因列表
