arraystar m6a单碱基分辨率芯片利用rna酶mazf对m6a敏感的特性,可在单碱基分辨率水平定位m6a位点,并对其进行定量。该芯片具有其它现存技术难以企及的优势,是研究m6a动态变化、生物学功能以及疾病相关性的强大工具。arraystar m6a 单碱基分辨率芯片技术拥有以下多种传统m6a-seq分析技术所不具备的优点:
• 一种检测m6a的正交实验方法:与以m6a抗体免疫共沉淀为基础的merip或miclip等技术不同,芯片提供了一种不依赖于抗体的m6a系统性检测方法。
• 单碱基分辨率水平定位m6a位点:merip-seq技术的分辨率在100~200 nt左右,不能精准定位m6a,而芯片利用mazf酶,可在单碱基分辨率水平,准确检测m6aca位点。
• 定量m6a修饰:芯片可对m6aca位点进行定量,解决了检测m6a动态变化这个长期未得到满足的科研需求。• 样本需求量少:与merip-seq需要> 120 ug rna相比,芯片对总rna的要求量可低至1 ug,适用于稀有样本,珍贵病理样本,尤其是组织部位、低产量的筛选细胞以及小的动物模型等样本。
• 可靠的位点收集与系统性注释:arraystar建立了特殊的收集注释流程,对single-aca、poly-aca和cluster-aca上的可定量m6a位点进行了可靠收集和系统性注释。了解这些m6a位点的功能意义,
aksomics(原康成生物)是arraystar中国区唯一代理商,独家为您提供arraystar公司m6a单碱基分辨率芯片全程一站式技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,aksomics的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。同时,根据您的研究需要,aksomics还提供各种深入数据挖掘服务。
arraystar m6a单碱基分辨率芯片产品列表
服务 | 芯片 | 规格 | 描述 |
human m6a 单碱基分辨率芯片服务 | arraystar human m6a单碱基分辨率芯片 | 8×15k | 11,237个单一m6a位点; 3,084个多聚m6a位点; 693个成簇m6a位点 |
mouse m6a单碱基分辨率芯片服务 | arraystar mouse m6a单碱基分辨率芯片 | 8×15k | 11,120个单一m6a位点; 3,199个多聚m6a位点; 279个成簇m6a位点 |
rat m6a单碱基分辨率芯片服务 | arraystar rat m6a单碱基分辨率芯片 | 8×15k | 11,499个单一m6a位点; 3,082个多聚m6a位点; 2614个成簇m6a位点 |
rna酶mazf可识别单链rna上的aca序列,并在第一个a的5’端进行切割,而如果第一个a携带m6a修饰(即m6aca),则不能发生切割[5, 10](图1)。对经过mazf酶处理,因具有m6aca序列而未被切割的rna片段,以及未经mazf酶处理的input rna,进行双色标记,然后与arraystar单碱基分辨率芯片杂交,从而得到单碱基分辨率水平的m6a定量值(图2)。该技术不依赖于半定量的m6a抗体免疫共沉淀技术,因此定量更加准确。
图 1. mazf 酶切割未甲基化的(aca)序列而不切割甲基化的(m6aca)序列。
arraystar单碱基分辨率芯片实验流程包括:
• 总rna片段化处理与dnase消化;
• mazf酶处理,切割未甲基化的(aca)序列而保留完成的甲基化(m6aca)序列。等份的未经mazf酶处理的rna作为input;
• 加入外参rna spike-ins,用作杂交信号校正;
• 分别合成crna,cy5(红光)标记mazf酶处理的样本,cy3(绿光)标记未经mazf酶处理的样本;
• 将两种荧光标记的crna混合,并与arraystar单碱基分辨率芯片杂交;
• 双色信号通道芯片数据分析与注释。
图2. arraystar单碱基分辨率芯片实验流程。
arraystar m6a 单碱基分辨率芯片 | human | mouse | rat |
芯片规格 | 8 x 15k | 8 x 15k | 8 x 15k |
探针总数 | 14,321 | 14,319 | 14,581 |
探针长度 | 60nt | 60nt | 60nt |
单一m6aca 位点 | 11,237 | 11,120 | 11,499 |
多聚m6aca 位点 | 3,084 | 3,199 | 3,082 |
成簇m6aca 位点 | 693 | 279 | 2,614 |
m6aca位点来源 | miclip dataset (linder et al., 2015; ke et al., 2015; xu et al., 2017; chen et al., 2015); rmbase database (schwartz et al., 2013) | miclip dataset (linder et al., 2015; ke et al., 2015; xu et al., 2017; chen et al., 2015); rmbase database (schwartz et al., 2013) | mouse m6aca site homologs (linder et al., 2015; ke et al., 2015; xu et al., 2017; chen et al., 2015); rmbase database (schwartz et al., 2013) |
m6a单碱基分辨率芯片结果提供丰而详细的生物信息学分析与注释,包括单碱基m6a化学计量、m6a定位、位点类型(single-, multiple-, clustered m6a位点)、转录本区域等等。它们是理解m6a动态变化、生物学功能、分子机制和疾病相关性的必要信息,是目前其它技术所无法提供的。