pirna（piwi-interacting rna）是从哺乳动物生殖细胞中分离得到的一类非编码小rna。成熟的pirna是一类长约26-32nt的单链小rna分子。在小鼠睾丸内只存在几百种不同的mirna，而pirna却至少有5万种。pirna即使在近缘物种之间保守性也很差，在长度、表达类型和基因结构上则与microrna截然不同。
arraystar pirna芯片
arraystar的科学家已经研制了针对人、小鼠和大鼠的pirna芯片，可以对pirna的总体表达情况进行检测。三个物种的pirna序列都来自ncbi数据库，并且使用ucsc blat技术在hg19, mm9和rn4数据库中分别进行染色体定位（map）。我们采用恰当的策略来挑选探针，然后使用双重方法（duplex method）设计60 mer的反义寡核苷酸探针。使用我们专有的pirna芯片（表1），我们将提供从样品准备到全面数据分析的综合服务。
| 芯片名称 | 物种 | 数据库 | 规格 | 检测pirna数 |
|---|---|---|---|---|
| arraystar human pirna array | human | hg19 | 4x44k | 23,677 |
| arraystar mouse pirna array | mouse | mm9 | 4x44k | 43,537 |
| arraystar rat pirna array | rat | rn4 | 4×44k | 39,727 |
1.样品rna抽提
a.实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，使用biopulverizertm冰冻粉碎组织，加1ml的rna抽提试剂trizol（invitrogen），使用mini-bead-beater-16匀浆后抽提rna。
b.实验对象为细胞样品，每份样品取1×106~1×107细胞，加1ml rna抽提试剂trizol（样品为贴壁细胞，每10cm2培养皿trizol使用量为1ml），裂解后抽提rna。
2. rna质量检测
a.使用nanodrop测定rna在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。
b.用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测rna纯度及完整性。
c.提供rna qc报告。
注意：用于芯片检测的rna样品，必须是高质量的，完整的，没有rnase污染（降解的样品不能用于标记和芯片检测），没有基因组污染。
3.制备荧光标记探针
使用arraystar标记试剂盒荧光标记pirna
4.芯片杂交
在标准条件下使用杂交仪将标记好的探针和arraystar pirna芯片杂交。
5.图像采集和数据分析
使用genepix 4000b芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
6.提供实验报告——包括详细的实验方法和芯片实验数据及图表
a.芯片扫描图
b.操作说明（含rna质检报告）
c.芯片数据
数据汇总表格（excel格式，包含探针位置，探针名称，原始信号值，修正信号值，标准化信号 值，样品间pirna表达量的比值）
差异表达pirna的数据表格（excel格式，包含表达上调2倍的pirna和表达下调2倍的pirna）
d.进一步数据分析
scatter plot（主要针对单色重复实验数据进行相关性r值计算）
分层聚类（进行多个样品实验时，按基因表达相似程度进行聚类，从而将多个样品进行归类）
若进行重复实验（≥3）则计算cv值、p值，并做volcano plot
→ piwil3/oip5-as1/mir-367-3p/cebpa feedback loop regulates the biological behavior of glioma cells. theranostics. 2018
→ roles of pirnas in microcystin-leucine-arginine (mc-lr) induced reproductive toxicity in testis on male offspring. food and chemical toxicology. 2017
