nrstar™ functional lncrna pcr 芯片(h/m)

  • 简介
  • 芯片特点
  • 数据库
  • 实验流程
  • 说明书
  • arraystar  nrstartm functional lncrna pcr芯片(h/m)可分别检测372个和185个已报道的与人或小鼠生物学功能或疾病相关的金标准lncrna,为研究人员探索lncrna功能及其生物标志物潜力提供了一个简单、准确和数据丰富的凯发app的解决方案。


    产品列表

    芯片名称 货号 规格 描述
    nrstartm human functional lncrna pcr array as-nr-004-1 384-well/ plate 包含372个与人生物学功能和疾病紧密关联的已知功能lncrna转录本
    nrstartm human functional lncrna pcr array (roche light cycler 480) as-nr-004-1-r 384-well/ plate
    nrstartm mouse functional lncrna pcr array as-nr-004m-1 384-well (2*192) / plate 包含185个与小鼠生物学功能和疾病紧密关联的已知功能lncrna转录本
    nrstartm mouse functional lncrna pcr array (roche light cycler 480) as-nr-004m-1-r 384-well (2*192) / plate

    •全面收集已知的与生物学功能或疾病明确相关的lncrna

    •功能性lncrna和疾病相关lncrna都经过详细分类、注释和交叉引用

    •所有引物均经过多种样品类型的验证,充分满足生物标记物鉴定的需要。

    •转录本特异性pcr引物可以明确且准确地检测每个lncrna异构体。

    为确保 nrstartm functional lncrna pcr array的实验效果,推荐配套使用arraystar rtstartm first-strand cdna synthesis kit  arraystar sybr® green real-time qpcr master mix>


  • • 覆盖大量已知功能lncrna:从新版的数据库和权威文献中收集与生物功能或人类疾病关联的lncrnas。


    图1. 部分与疾病相关的lncrna(来自bartonicek et al. 2016)

    图2. 部分参与心脏功能通路的lncrna(来自devaux et al. 2015)


    • 详尽的lncrna注释:这些与癌症、心血管疾病、神经退行性疾病等相关的lncrna被详细分类、注释并交叉引用。

           表1.这些注释包括:

           基因组位置:[增强子、反义、基因间、内含子、双向……]

           靶基因mrna

           作用机制:[信号传导、靶标诱捕、分子支架、分子向导、内源竞争性rna、mirna海绵、可变剪接 ……]

           生物功能:[细胞周期、细胞分化、甲基化、免疫、代谢……]

           疾病:[癌症、心血管疾病、神经退行性疾病、肾病、糖尿病、综合症……]


           注释举例1 - 癌症相关lncrna nbat-1

     

    图3. 绿色背景框图中展示了nbat-1的注释信息


           注释举例2 - 心血管疾病相关lncrna mhrt


    图4. 蓝色背景框图中展示了mhrt的注释信息


           注释案例3- 神经退行性疾病相关lncrna bace1-as

     

    图5. 红色背景框图中展示了bace1-as的注释信息


    • 生物标志物筛选和验证利器:所有引物都经过优化,且在多种样本类型样本中进行了验证,充分满足生物标志物鉴定的需要。


     

    图6. pcr芯片中已报到的有生物标志物潜能和应用的lncrna示例


    • 转录本特异性检测:通过靶向特异性的外显子或可变剪接点,芯片中的pcr引物准确有效的检测每个lncrna转录本。

    • 可靠和精确的定量:通过使用外部对照(rna spike-in、阳性pcr对照)、基因组dna对照及6个内参管家基因,确保每一个lncrna都被精确检测。计算摒弃了单个参考基因数据标准化方式,使用多个参考基因的平均值对数据进行标准化。

    • 简单便捷:384孔板,即拆即用。只需将反转好的cdna与qpcr master mix混合,加入到384孔板,即可进行qpcr反应。所有流程可在4小时内完成。

  • human functional lncrna list

    癌症:

    7sk, aa174084, ab073614, abhd11-as1, acta2-as1, adamts9-as2, af339813, afap1-as1, airn-1, airn-2, ak095147, ap5m1, apoc1p1, ara-1, ara-2, atg9b-1, atg9b-2, bancr, bcar4-1, bcar4-2, bglt3, blacat1, bok-as1, c5orf66-as1, casc11-1, casc11-2, casc2-1, casc2-2, casc9, cbr3-as1-1, cbr3-as1-2, ccat1, ccat2, ccdc26, ccepr, crnde, ctb-89h12.4, ctbp1-as, dleu1-1, dleu1-2, dnm3os-1, dnm3os-2, draic (loc145837), dscam-as1-1, dscam-as1-2, egfr-as1, egot, enst00000434223, enst00000456816, enst00000480739, epb41l4a-as1, epb41l4a-as2, ewsat1, falec, fas-as1 (saf), fer1l4, fezf1-as1, fgf14-as2, flg-as1-1, flg-as1-2, foxcut, ftx, gacat1-1, gacat1-2, gacat2, gacat3, gaplinc-1, gaplinc-2, gas5, gas8-as1, gata6-as1, ghet1, h19-1, h19-2, haglr, hand2-as1, hcp5, hif1a-as1, hif1a-as2, hnf1a-as1, hotair-1, hotair-2, hotair-3, hotairm1-2, hottip, hoxa-as2 , hulc, kcnq1ot1, krasp1, krt18p55, krt7-as, l1pa16, linc00032, linc00152-1, linc00152-2, linc00152-3, linc00312, linc00467, linc00473, linc00668, linc00673, linc00857, linc00901 , linc00951, linc00963, linc00970, linc01133, linc01315-1, linc01315-2, linc01630-1, linc01630-2, linc-pint, linc-pou3f3-1, linc-pou3f3-2, lincrna-p21, lincrna-ror, lncrna-ctd903, lncrna-heih, loc100130476, loc100507661 , loc101054525 , loc389332, lsinct5, lucat1, lunar1, lust, macrod2-as1-1, macrod2-as1-2, meg3-1, meg3-2, mer11c, miat, mina, mir100hg, mir155hg, mir17hg, mir31hg, mt1jp, mycnos-1, mycnos-2, mycnut, nama-1, nama-2, nbat-1, ndm29, neat1-1, neat1-2, nkila, nptn-it1, or3a4p, oraov1, pacerr, pandar, parrot, pax8-as1-1, pax8-as1-2, pca3-1, pca3-2, pcat-1, pcat18, pcat29, pcat6-1, pcat6-2, pcbp2-ot1, pcgem1, pgm5-as1-1, pgm5-as1-2, picsar, pinc, pou6f2-as2, prncr1, psf inhibiting rna, ptcsc1, ptcsc3, ptenp1, rgmb-as1, rmel3, runx1-it1, sammson , sbf2-as1, schlap1, snhg1, snhg15, snhg16, snhg20, snhg5, sox2ot, st7-as1, st7-as2-1, st7-as2-2, st7-ot3, st7-ot4, sumo1p3, tarid, tcl6, tdrg1, terc, tie1-as, trerna1, trim52-as1-1, trim52-as1-2, tug1-1, tug1-2, tusc7 , tusc8, u79277, uc.338, uc.73a(p), uca1, ufc1 lincrna , vldlr-as1, wspar, wt1-as-1, wt1-as-2, wt1-as-3, x91348, yiya, zeb2-as1, zfas1-1, znf582-as1-1, znf582-as1-2, znf582-as1-3

    神经退行性疾病:

    17a, 51a, anti-nos2a, atxn8os , bace1-as, bdnf-as-1, bdnf-as-2, cdkn2b-as1, dgcr5, dlx6-as1, dpy19l2p2-1, dpy19l2p2-2, gdnf-as1 -1, h19-1, h19-2, har1a, har1b (har1r), htt-as, linc00299, linc00599, linc01262, lincrna-p21, malat1, meg3-1, meg3-2, miat, nat-rad18, neat1-1, neat1-2, pink1-as, pnky, rmst, scaant1, snhg1, snhg3, sox2ot, tug1-1, tug1-2, tuna-1, tuna-2, u1 spliceosomal lncrna, uch1las  

    心血管疾病:

    7sk, alien, atg9b-1, atg9b-2, carmen-1, cdkn2b-as1, emx2os, fendrr, fgf10-as1, gas5, h19-1, h19-2, has2-as1, hif1a-as1, hif1a-as2, hotair-1, hotair-2, hotair-3, kcnq1ot1, linc00323, lincrna-p21, loc100129973, loc100507537, mhrt, miat, mir222hg, nonhsat073641, nonhsat112178, novlnc35, novlnc44, novlnc76, nppa-as1, nron, pancr, punisher, pvt1, salrna1, sencr, smilr, terminator, tie1-as, tug1-1, tug1-2, uca1  

    肾病:

    enst00000456816, gas5, h19-1, h19-2, hif1a-as1, hif1a-as2, hotair-1, hotair-2, hotair-3, kcnq1ot1, loc389332, meg3-1, meg3-2, pvt1, rp11-354p17.15-001, tapsaki, x91348

    糖尿病:

    cdkn2b-as1, hi-lnc25-1, hymai, igf2-as-1, linc00271, meg3-1, meg3-2, nonratt021972, pdzrn3-as1, pvt1  

    免疫系统:

    gata3-as1-1, gata3-as1-2, gata3-as1-3, ifng-as1-1, ifng-as1-2, linc-dc , lincrna-eps, m18204, maftrr, nrav, nrir, ntt, pacerr, rhoxf1p1, thril

    细胞周期:

    ccnd1 associated ncrnas, cdkn2b-as1, h19-1, h19-2, hulc, kcnq1ot1, lincrna-p21, lincrna-ror, lncrna-heih, pandar, tusc7

    脂质代谢和脂肪生成:

    apoa1-as, hotair-1, hotair-2, hotair-3, hulc, neat1-1, neat1-2, rp1-13d10.2


    mouse functional lncrna list

    癌症:

    9530018h14rik; airn-1; airn-2; airn-3; c130071c03rik-1; c130071c03rik-2; dreh; esrp2-as-1; esrp2-as-2; esrp2-as-3; h19; hottip-1; hottip-2; lncpint-1; lncpint-2; lncpint-3; lncrna-smad7-1; lncrna-smad7-2; lncrna-smad7-3; malat1; meg3-1; meg3-2; mira; pinc; trp53cor1

    心脏发育和心血管疾病:

    4930503e24rik; ak028007; ak038798; ak044955; ak139328; ak143294; ak143693; ak153778; atp2a2; bvht; c2dat1; caif; chaer; cyp4b1-ps2; chast; dworf; fendrr-1; fendrr-2; gm12919; gm13865; gm14155; gm15054; gm15834; gm32592; gm6644; gm6768; lexis-1; lexis-2; meg3-1; meg3-2; mhrt; mirt1; sghrt-1; sghrt-2; srsf9; tdpx-ps1; tk99129; uph; wt1os

    糖尿病:

    lincrna-gm4419-1; lincrna-gm4419-2; meg3-1; meg3-2; pluto; rian

    胚胎干细胞多能性及分化:

    1700007l15rik; digit; evx1as; g730013b05rik-1; g730013b05rik-2; gm16845-1; gm16845-2; gm2694-1; gm2694-2; halr1; linc1242; linc1257-1; linc1257-2; linc1368; panct1; snhg3

    基因组印迹:

    kcnq1ot1; nctc1; nespas

    免疫系统发育、免疫应答和免疫疾病:

    gas5; lnc13; lnckdm2b; lncrna-acod1; lncrna-nfkb2-1; lncrna-nfkb2-2; lnc-smad3; malat1; mir142hg; mirt2; morrbid-1; morrbid-2; morrbid-3; ptgs2os2; rmrp; rroid

    肾病:

    np_17856, np_5318, xist-1; xist-2

    肝病:

    airn-1; airn-2; airn-3; apoa4-as; lnc-lfar1

    脂质代谢、脂肪合成和脂肪细胞分化:

    c730029a08rik; c730036e19rik; gm15050; gm16551

    神经元发育、分化和疾病 :

    4930570g19rik-1; 4930570g19rik-2; abhd11os; ak133808; dalir; dleu2; dlx1as; egr2-as; gm30731; lncol1; lncol1; miat-1; miat-2; nkx2-2os; paupar; rmst; six3os1-1; six3os1-2; six3os1-3; six3os1-4; six3os1-5; six3os1-6; sox2ot; uchl1os

    rrna 代谢:

    5s-ot, papas

    精原干细胞存活、精子生成和不育:

    gfra1; hm629797; lncrna033862; neat1-1; neat1-2

    骨骼及肌肉发育:

    loc105246506; lnc-31; msx1os; munc; myhas; yam-1

    x染色体失活:

    firre; ftx-1; ftx-2; jpx; rr18; tsix; xist-1; xist-2

    其他生物学功能和疾病:

    6430411k18rik; ak081227; alncrna-ec7; caif; egr2-as; hotair; hoxaas3; lnclgr; mdrl; mir124a-1hg; neat1-1; neat1-2; rubie; smn-as1; snhg5; tog; ttc39aos1; tug1-1; tug1-2; tug1-3; vax2os-1; vax2os-2

    注:后缀 (-1, -2, -3 …) 表示lncrna基因的不同转录本




  • 图1. nrstartm functional lncrna pcr芯片实验流程


    适用的qpcr仪:

    abi viiatm 7

    abi 7500 & abi 7500 fast

    abi 7900ht

    abi quantstudiotm 6 flex real-time pcr system

    abi quantstudiotm 7 flex real-time pcr system

    abi quantstudiotm 12k flex real-time pcr system

    bio-rad cfx384

    bio-rad icycler & iq real-time pcr systems

    eppendorf realplex

    qiagen rotor gene q 100

    roche lightcycler 480

    stratagene mx3000

    roche lightcycler 480