nrstar™ trf&tirna pcr芯片(h/m)

• 简介
• 产品设计和背景
• 数据库
• 实验流程
• 说明书和分析工具

•        作为一种新型的trna来源的非编码小rna，trf& tirna由精确调控的生物发生过程所产生，参与行使多种生物学功能: 作为microrna参与rna干扰；调节靶向mrna的稳定性；在细胞应激条件下促进应激颗粒(sg)的组装；调控细胞凋亡[1]；作为表观遗传因子在世代间传递[2,3](图1)。trfs& tirna的组成和含量高度依赖于细胞类型，并且与多种病理状态密切相关。它们在生物体液中广泛存在，含量远超microrna，使之有望成为优质的分子标志物[4-7]。

          arraystar nrstar™ human trf & tirna pcr 芯片检测185个数据库收录和新近文献报道的人trf&tirna。arraystar nrstar™ mouse trf pcr芯片检测从trfdb数据库中挑选的88个常见的小鼠trfs。

  
  

  
  

  产品列表

  芯片名称	货号	规格	描述
  nrstartm human trf&tirna pcr array	as-nr-002-1	384-well(2*192) / plate	检测185个数据库收录和新近文献报道的人trf&tirna
  nrstartm human trf&tirna pcr array (roche light cycler 480)	as-nr-002-1-r	384-well (2*192) / plate
  nrstartm mouse trf pcr array	as-nr-002m-1	384-well (4*96) / plate	检测从trfdb数据库中挑选的88个新近常见的小鼠trfs
  nrstartm mouse trf pcr array (roche light cycler 480)	as-nr-002m-1-r	384-well (4*96) / plate

  优势

  • 前沿-关注近些年火热的trf&tirna研究

  • 聚焦-检测具有生物学潜能的trf&tirna

  • 精确检测-所有引物都经过精心设计、优化和验证

  • 简单便捷-标准的qpcr板设计，直接使用，无需预扩增

  
  

  
  

  为保证能区分trf&tirna和其前体，同时为获得更好的检测特异性，需配套使用rtstar™ first-strand cdna synthesis kit (3’and 5’adaptor) (cat # as-fs-003 )

  
  

• trf& tirna参与行使多种生物学功能: 作为microrna参与rna干扰；调节靶向mrna的稳定性；在细胞应激条件下促进应激颗粒(sg)的组装；调控细胞凋亡；作为表观遗传因子在世代间传递 [1] (图1)。trfs& tirna的组成和含量高度依赖于细胞类型，并且与多种病理状态密切相关。它们在生物体液中广泛存在，含量远超microrna，使之有望成为优质的分子标志物[2-5]。

  

  图1. trfs&tirnas分子功能和人类疾病。

  
  

  trf&tirnas 是由trna或pre-trna经过精确剪切形成的。因序列上的重合，常规qpcr的方法很难将trf&tirna和trna或pre-trna区分开来。同时，由于trf&tirnas序列长度只有16-50nt，序列太短，很难直接使用qpcr进行检测。arraystar借鉴了经典的小rna测序建库方法，通过在trf&tirnas 的3’和5’端分别加上一段序列来延长序列长度。正向和反向引物分别与5'和3'连接处的序列互补配对，以此有效地区分trf&tirna与其前体及其他小rna，从而能可靠、准确地检测trf&tirna的表达（图2）。

  

  图2. 通过在5’和 3’端加上接头， nrstar™ trf&tirna pcr 芯片可以精确检测指定的trf&tirnas而不扩增其前体trnas或pre-trnas.

  
  

  arraystar nrstar™ trf&tirna pcr 芯片体系，能快速便捷地特异性检测trfs & tirnas，共包含两款产品：用于接头连接和cdna 合成的arraystar rtstar™ first-strand cdna synthesis kit (3’and 5’adaptor) 及用于trf&tirna检测的 arraystar nrstar™ trf&tirna pcr 芯片。

  
  

  reference 

  1. anderson p. and p. ivanov (2014) "trna fragments in human health and disease." febs lett. 588(23):4297-304 [pmid: 25220675]

  2. telonis, a. g. et al. dissecting trna-derived fragment complexities using personalized transcriptomes reveals novel fragment classes and unexpected dependencies. oncotarget 6, 24797-24822, doi:10.18632/oncotarget.4695 (2015). [pmid: 26325506].

  3. olvedy, m. et al. a comprehensive repertoire of trna-derived fragments in prostate cancer. oncotarget, doi:10.18632/oncotarget.8293 (2016). [pmid: 27015120].

  4. schageman, j. et al. the complete exosome workflow solution: from isolation to characterization of rna cargo. biomed research international 2013, 253957, doi:10.1155/2013/253957 (2013). [pmid: 24205503].

  5. dhahbi, j. m. et al. 5' trna halves are present as abundant complexes in serum, concentrated in blood cells, and modulated by aging and calorie restriction. bmc genomics 14, 298, doi:10.1186/1471-2164-14-298 (2013). [pmid: 23638709].

  6. kumar, p., mudunuri, s. b., anaya, j. & dutta, a. trfdb: a database for transfer rna fragments. nucleic acids research 43, d141-145, doi:10.1093/nar/gku1138 (2015). [pmid: 25392422].

• human trfs&tirnas (185)

  trf-1 1001, 1003, 1004, 1005, 1006, 1007, 1010, 1012, 1013, 1015, 1020, 1025, 1026, 1027, 1028, 1029, 1030, 1031, 1032, 1033, 1035, 1036, 1037, 1038, 1039, 1040, 1041, 1042 trf-3 3002b, 3004b, 3006b, 3031b, 3033a, 3030a, 3030b, 3002a, 3003a, 3003b, 3006a, 3008a, 3008b, 3009b, 3011/12a, 3016/18/22b, 3017a, 3017b, 3019/20/21b, 3026b, 3027/28b, 3019a, 3020/21a, 3022a, 3026/27/28a, 3029a, 3031a trf-5 5001a, 5001b, 5002a, 5002b, 5008b, 5009a, 5009b, 5010a, 5011a, 5012b, 5013b, 5015/17a, 5016a, 5019a, 5019b, 5020/21a, 5020b, 5021b, 5022a, 5022b, 5023b, 5024a, 5026a, 5026/27b, 5028/29a, 5028/29b, 5032a, 5032b, trf21-26, trf63, trf23, trf205, trf208, trf223, trf250, trf272/274, trf273, trf293/294, trf305/306/307, trf308, trf312, trf316, trf318, trf320, trf321, trf322, trf323/324/326, trf337-339, trf347, trf351, trf354, trf356/359, trf368, trf366, trf365, trf373, trf374, trf375, trf393, trf396, trf417, trf457, trf460, trf462, trf463, trf466/468/469/471/472/473, trf490, trf492, trf493, trf511, trf524, trf533/534, trf537, trf546/547, trf550/551 tirna-3 (3’ trna half) 3'tir_007_gluttc (n), 3'tir_012_argcct (n), 3'tir_026_glnctg (n), 3'tir_028_hisgtg (mt), 3'tir_037_argccg (n), 3'tir_056_valtac (mt), 3'tir_060_metcat (n), 3'tir_063_argcct (n), 3'tir_075_gluttc (mt)/ gluttc (mt-la), 3'tir_078_argtct (n), 3'tir_080_protgg (mt), 3'tir_082_thrtgt (mt), 3'tir_088_lysctt (n) tirna-5 (5’ trna half) 5003/4c, 5008c, 5009c, 5016c, 5026/27c, trf62, trf315, trf327, trf353, trf419, tirna-5033-protgg-1, tirna-5033-gluttc-1, tirna-5029-glygcc-2, tirna-5034-valcac-2, tirna-5034-valcac-3, tirna-5030-hisgtg-1, tirna-5030-gluttc-1, tirna-5033-gluttc-2, tirna-5030-lysctt-2, tirna-5029-proagg, tirna-5031-gluttc-1, tirna-5031-hisgtg-1, tirna-5031-gluctc-1, tirna-5034-glyccc-1, tirna-5034-gluttc-1, tirna-5033-lysttt-1, tirna-5032-lysttt-1, tirna-5031-phegaa, tirna-5034-valtac-3, tirna-5030-glnttg-3, tirna-5029-glygcc-3, tirna-5035-gluttc-1, tirna-5035-gluttc-2, tirna-5034-gluttc-2, tirna-5035-gluttc-3, tirna-5032-gluttc-1, tirna-5035-gluctc, tirna-5030-sergct-3, tirna-5030-sergct-1, tirna-5031-hisgtg-2, tirna-5029-alaagc-1, tirna-5032-lysctt-1

  
  

  mouse trf (88)

  trf-1 1003, 1006, 1008, 1009, 1010, 1015, 1016, 1019, 1020, 1026, 1035 trf-3 3001b, 3002a/3035a, 3003a, 3004b, 3005a, 3006a, 3009a, 3009b, 3010a, 3010b/3017b, 3011a, 3011b, 3012b, 3017a, 3017b/3010b, 3019a, 3019b/3020b, 3021a, 3023b, 3024b/3046b, 3025a, 3025b, 3026a, 3027a, 3028b/3029b, 3029a, 3030a, 3031a, 3031b, 3032a, 3032b, 3033a, 3033b, 3034a, 3036a, 3036b/3037b, 3038a, 3038b, 3039a, 3041b/3042b, 3043a, 3043b, 3044a, 3044b, 3045a, 3046a, 3047b, 3048a, 3050a, 3051a, 3052a trf-5 5001a/5001b/5010a, 5002b/5004b, 5005a/5006b, 5005b, 5006a, 5006c, 5007a, 5009a, 5009b, 5011a, 5011b/5012b, 5012b, 5013a, 5013b, 5013b/5017b/5018b, 5014a, 5014a/5015a, 5014b, 5016a, 5019a, 5019b, 5020b/5021a, 5022a, 5022b, 5023b/24b

  
  

  
  

  database

  trfdb  

  mintbase  

  
  

  reference

  olvedy, m. et al. a comprehensive repertoire of trna-derived fragments in prostate cancer. oncotarget, doi:10.18632/oncotarget.8293 (2016). 

  selitsky sr, baran-gale j, honda m, yamane d, masaki t, fannin ee, et al. small trna-derived rnas are increased and more abundant than micrornas in chronic hepatitis b and c. scientific reports 2015;5:7675.

  wang q, lee i, ren j, ajay ss, lee ys, bao x. identification and functional characterization of trna-derived rna fragments (trfs) in respiratory syncytial virus infection. molecular therapy : the journal of the american society of gene therapy 2013;21:368-79.

  
  

• 

  图1. trf&tirna qpcr芯片实验流程

  
  

  适用的qpcr仪：

  • abi viia™ 7

  • abi 7500 & abi 7500 fast

  • abi 7900ht

  • abi quantstudio™ 6 flex real-time pcr system

  • abi quantstudio™ 7 flex real-time pcr system

  • abi quantstudio™ 12k flex real-time pcr system

  • bio-rad cfx384

  • bio-rad icycler & iq real-time pcr systems

  • eppendorf realplex

  • qiagen rotor gene q 100

  • roche light cycler 480

• aksomics使用arraystar的芯片为客户提供服务，该产品说明书及分析工具见下:

  产品说明书：

    manual_nrstar_human_trf_tirna_pcr_array_v1.04

    manual_nrstar™_mouse_trf_pcr_array_v1.01

  
  

  工具：

    analysis_tool_for_nrstar™_human_trf_tirna_pcr_array_v1.01

    analysis tool for nrstar™ mouse trf pcr array_v1.0