1. se-lncrna芯片收录策略
- 收集整理了refseq, ucsc knowngene, gencode, lncrnadb, rnadb, nred和lncrna catalogs等权威数据库中的lncrna
- 收集了注释完善、经过实验验证和有pubmed索引的“金标准”lncrna
- 收集了权威期刊上新出现的lncrna
图1.arraystar se-lncrna芯片内容收集流程图。
2. se-lncrna芯片database
| 芯片 |
arraystar人 se-lncrna microarray |
arraystar小鼠 se-lncrna microarray |
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探针总数 |
14873 |
14637 |
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探针长度 |
60 nt |
60 nt |
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探针特异性 |
转录本特异性探针，针对se-lncrna特异外显子或剪接位点设计 |
转录本特异性探针，针对se-lncrna特异外显子或剪接位点设计 |
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se-lncrnas& super-lncrnas 检测数目 |
7753 |
8222 |
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se-lncrnas靶基因检测数目 |
7040 |
6385 |
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se-lncrnas来源 |
- 从arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncrna和可靠性高的lncrna，然后与dbsuper数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncrna被鉴定为se-lncrna。 - 从文献收集增强子lncrna，若该增强子位于超级增强子区，则被认为是se-lncrna。 |
从arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncrna和可靠性高的lncrna，然后与dbsuper数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncrna被鉴定为se-lncrna。 |
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super-lncrnas来源 |
super-lncrna是指与超级增强子区域形成rna:dna:dna三螺旋的lncrna，可招募调控因子至超级增强子区，从而影响染色体结构，并作为空间放大器，促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。 |
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se-lncrnas靶基因来源 |
与se-lncrna基因组位置重叠或在其转录起始位点50 kb以内的refseq基因被收集为se-lncrna靶基因。此外还包含了来自tf checkpoint数据库中的3153个转录因子基因与来自bushman lab数据库中的1448个癌症相关基因。 |
与se-lncrna基因组位置重叠或在其转录起始位点50 kb以内的refseq基因被收集为se-lncrna靶基因。此外还包含了来自tf checkpoint数据库中的2883个转录因子基因与来自sbcddb数据库中的593个癌症相关基因。 |
图2.arraystar公司human se-lncrna芯片内容。
图3.arraystar公司mouse se-lncrna芯片内容。
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