转运rna (trna) 是生物体内分布最广泛、含量最丰富的非编码小rna分子之一。它携带并转运氨基酸，参与蛋白翻译，是连接mrna与蛋白质的重要桥梁。细胞增殖、分化和凋亡等一系列生物学过程都伴随着trna水平的变化。反之，trna表达谱的改变也会影响细胞发育过程中的命运抉择。表达失调的trna可以促进肿瘤的发生和癌症进程。另外，许多其它疾病比如ii型糖尿病、亨廷顿症以及hiv感染都出现了trna表达与分布紊乱。trna研究已逐渐成为生物学过程和疾病研究的重要组成部分。
美国arraystar公司是专业的非编码rna研究领域的产品及服务提供商。arraystar nrstartm trna pcr arrays（h/m）可分别检测185个人或小鼠的trna，覆盖了gtrnadb数据库中所有的细胞核反密码子isoacceptors (运载相同氨基酸但反密码子不同的trna互称为isoaccepetor)，提供isoacceptor和isodecoder（反密码子相同但躯干序列不同的trna之间互称为isodecoder）两种层面上的表达检测。
trna存在种类繁多的修饰，对其发挥功能十分关键。然而，这些修饰尤其是甲基化修饰会严重阻碍反转录的进行，导致cdna合成终止或碱基错配。为此，arraystar专门开发了针对trna的反转录试剂盒 (rtstar™ trna-optimized first-strand synthesis kit)。该试剂盒采用了一种高效的rna去甲基化酶，能够有效地去除trna上的甲基化修饰，极大地提高cdna合成质量。与此试剂盒组合使用，研究人员能够获得更为真实可靠的trna表达变化，为研究蛋白质组或trna来源片段（trfs）提供重要信息。
nrstar™ trna pcr 芯片产品列表
| 服务 | 芯片 | 规格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| nrstar™ human trna pcr芯片技术服务 | nrstar™ human trna repertoire pcr芯片v2.0 | 384-well (2*192) / plate | 可检测185个人trna，覆盖了gtrnadb数据库中所有的细胞核反密码子isoacceptors，提供isoacceptor和isodecoder两种层面上的表达检测。 |
| nrstar™ mouse trna pcr芯片技术服务 |
nrstar™ mouse trna pcr芯片
|
384-well (2*192) / plate | 可检测185个小鼠的trna，覆盖了gtrnadb数据库中所有的细胞核反密码子isoacceptors，提供isoacceptor和isodecoder两种层面上的表达检测。 |
芯片特点
● 囊括gtrnadb和trnadb数据库中所有的细胞核与线粒体反密码子
● 伴随的去甲基化处理使得检测结果更加真实可靠
● 所有引物均在多种细胞和组织中通过验证
● 即拆即用型384孔板，几小时内便可得到结果
trna pcr芯片服务流程
1. rna抽提与质量检测
进行rna常规抽提，使用nanodrop nd-1000检测rna浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测rna纯度和完整性。详细的样品qc结果可见服务报告。
2. 去甲基化处理与cdna合成
每样本取1.5 μg rna，使用rtstar™ trna-optimized first-strand synthesis kit (cat# as-fs-004, arraystar) 试剂盒进行去甲基化处理和反转,合成cdna第一链。详细步骤参照arraystar产品操作手册。
3. real-time pcr扩增
将cdna与 arraystar sybr green qpcr master mix (cat# as-mr-005-5, arraystar)混合，加入至384孔板中，在abi 7900 pcr仪上进行real-time pcr扩增。
4. 熔解曲线分析与原始数据导出
pcr扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用pcr仪自带软件导出原始数据。出具raw data文件夹，包含原始ct值、pcr扩增曲线图和熔解曲线图。
trna pcr芯片数据分析流程
1. pcr芯片数据质控
质控参数：ct(blank)>35; ct(gdc)>35; ct(rna spike-in)<25; ct (ppc) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据qc结果见arraystar服务报告。
2. 数据校正与△ct值计算
板间校正：使用ct(ppc)对不同pcr板进行板间校正。
内参校正与△ct值计算：挑选优质内参，使用内参均值计算△ct值。
3. 差异倍数计算(2^(-△△ct))
使用 △△ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. p值计算
对样本组进行t检验，计算p值。
5. 其他常规数据分析
散点图分析；火山图分析；top20表达上调和下调trna柱形图分析
6. 提供服务报告与数据分析结果
a. arraystar服务报告（包括rna样本qc、qpcr数据qc和详细实验数据分析步骤）
b. excel芯片结果汇总表（包括trna列表，数据分析结果和各类图表）
c. raw data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)
trna pcr芯片部分分析结果展示
1. 差异表达trna列表（默认筛选参数：差异倍数>1.5；p<0.05，客户可指定筛选参数值）
2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为1.5)
3. 火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为1.5；蓝色水平线代表p值为0.05）
4. top20表达上调trna柱状图
5. top20表达下调trna柱状图
arraystar nrstar™ human trf & tirna pcr array包含了185类来自权威数据库收录和新近文献报道的trf或tirna，方便客户对trf & tirna进行简单快捷地表达谱分析。
nrstar™ trf&tirna pcr芯片服务列表
| 服务 | 芯片 | 规格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| nrstar™ human trf&tirna pcr芯片技术服务 | nrstar™ human trf&tirna pcr芯片 | 384-well (2*192) plate | 包含了185类来自权威数据库收录和新近文献报道的trf或tirna |
| nrstartm mouse trf pcr芯片技术服务 | nrstartm mouse trf pcr芯片 | 384-well (4*96) / plate | 检测从trfdb数据库中挑选的88个常见的小鼠trfs |
芯片特点
• 前沿-关注近些年火热的trf&tirna研究
• 聚焦-检测更具生物学潜能的trf&tirna
• 精确检测-所有引物都经过精心设计、优化和验证
• 简单便捷-标准的qpcr板设计，直接使用，无需预扩增
trf&tirna pcr芯片实验流程
1. rna抽提与质量检测
进行rna常规抽提，使用nanodrop nd-1000检测rna浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测rna纯度和完整性。详细的样品qc结果见服务报告。
2. 双端接头连接与cdna合成
每样本取1.5 μg rna，使用rtstar™ first-strand cdna synthesis kit (3’ and 5’ adaptor) (cat# as-fs-003, arraystar) 试剂盒进行接头连接和反转,合成cdna第一链。详细步骤参照arraystar产品操作手册。
3. real-time pcr扩增
将cdna与 arraystar sybr green qpcr master mix (cat# as-mr-005-5, arraystar)混合，加入至384孔板中，在abi 7900 pcr仪上进行real-time pcr扩增。
4. 熔解曲线分析与原始数据导出
pcr扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用pcr仪自带软件导出原始数据。出具raw data文件夹，包含原始ct值、pcr扩增曲线图和熔解曲线图。
trf&tirna pcr芯片数据分析流程
1. pcr芯片数据质控
质控参数：ct(blank)>35; ct(gdc)>35; ct(rna spike-in)<25; ct (ppc) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据qc结果见arraystar服务报告。
2. 数据校正与△ct值计算
板间校正：使用ct(ppc)对不同pcr板进行板间校正。
内参校正与△ct值计算：挑选优质内参，使用内参均值计算△ct值。
3. 差异倍数计算(2^(-△△ct))
使用 △△ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. p值计算
对样本组进行t检验，计算p值。
5. 其他常规数据分析
散点图分析；火山图分析；top20表达上调和下调trf&tirna柱形图分析
6. 提供服务报告与数据分析结果
a. arraystar服务报告（包括rna样本qc、qpcr数据qc和详细实验数据分析步骤）
b. excel芯片结果汇总表（包括trf&tirna列表，数据分析结果和各类图表）
c. raw data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)
trf&tirna pcr芯片部分数据分析结果展示
1. 差异表达trf & tirna列表（默认筛选参数：差异倍数>2；p<0.05，客户可指定筛选参数值）
2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为2)
3. 火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为2；蓝色水平线代表p值为0.05）
4. top20表达上调trf & tirna柱状图
5. top20表达下调trf & tirna柱状图
nrstar™ functional lncrna pcr芯片服务列表
| 服务 | 芯片 | 规格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| nrstar™ human functional lncrna芯片技术服务 | nrstar™ human functional lncrna pcr芯片 | 384-well plate | 同时检测372个功能已知或疾病相关的金标准lncrna |
| nrstar™ mouse functional lncrna芯片技术服务 | nrstar™ mouse functional lncrna pcr芯片 | 384-well (2*192) / plate | 包含185个与小鼠生物学功能和疾病紧密关联的已知功能lncrna转录本 |
芯片特点
• 全面收集已知的与生物学功能或疾病明确相关的lncrna
• 功能性lncrna和疾病相关lncrna都经过详细分类、注释和交叉引用
• 所有引物均经过多种样品类型的验证，充分满足生物标记物鉴定的需要。
• 转录本特异性pcr引物可以明确且准确地检测每个lncrna异构体。
functional lncrna pcr芯片服务实验流程
1. rna抽提与质量检测
进行rna常规抽提，使用nanodrop nd-1000检测rna浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测rna纯度和完整性。详细的样品qc结果见服务报告。
2. cdna合成
每样本取1.5 μg rna，使用rtstar™ first-strand synthesis kit (cat# as-fs-001, arraystar) 试剂盒进合成cdna第一链。详细步骤参照arraystar产品操作手册。
3. real-time pcr扩增
将cdna与 arraystar sybr green qpcr master mix (cat# as-mr-005-5, arraystar)混合，加入至384孔板中，在abi 7900 pcr仪上进行real-time pcr扩增。
4. 熔解曲线分析与原始数据导出
pcr扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用pcr仪自带软件导出原始数据。出具raw data文件夹，包含原始ct值、pcr扩增曲线图和熔解曲线图。
functional lncrna pcr芯片服务数据分析流程
1. pcr芯片数据质控
质控参数：ct(blank)>35; ct(gdc)>35; ct(rna spike-in)<25; ct (ppc) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据qc结果见arraystar服务报告。
2. 数据校正与△ct值计算
板间校正：使用ct(ppc)对不同pcr板进行板间校正。
内参校正与△ct值计算：挑选优质内参，使用内参均值计算△ct值。
3. 差异倍数计算 (2^(-△△ct))
使用 △△ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. p值计算
对样本组进行t检验，计算p值。
5. 其他常规数据分析
散点图分析；火山图分析；top20表达上调和下调lncrna柱形图分析
6. 提供服务报告与数据分析结果
a. arraystar服务报告（包括rna样本qc、qpcr数据qc和详细实验数据分析步骤）
b. excel芯片结果汇总表（包括trna列表，数据分析结果和各类图表）
c. raw data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)
functional lncrna pcr芯片服务部分数据分析结果展示
1. 差异表达lncrna列表（默认筛选参数：差异倍数>2；p<0.05，客户可指定筛选参数值）
arraystar nrstar™ canonical conserved mirna pcr芯片(h)旨在通过qpcr技术检测372个经典的、进化过程保守且具有显著功能的mature mirnas。此款pcr芯片能很好地消除mirna前体、家族其他成员和isomirs的干扰，同时还能够准确地对低量样本进行检测，为科研人员提供一种准确、简单和快捷的mirna研究方案。
产品列表
| 产品名称 | 货号 | 规格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| nrstar™ human canonical conserved mirna pcr array | as-nr-005 | 384 well / plate | 包含372个经典的、进化过程保守且具有显著功能的mature mirnas |
| nrstar™ human canonical conserved (roche light cycler 480) | as-nr-005-r | 384 well / plate |
优势
• 专注于经典、进化保守且具有显著功能的mature mirnas
• 关注于具有更高表达水平的mature mirnas而非star mirnas
• 通过two-tailed qpcr技术高效地消除前体、isomirs及家族其他成员的干扰
• 详细地注释了mirna启动子、初级转录本及宿主基因等信息
• 方便快捷的预扩增步骤帮助准确地检测低量样本
为保证准确地检测mirna表达水平，消除前体、isomirs及家族其他成员的影响，推荐使用rtstar™ first-strand cdna synthesis kit (3’and 5’adaptor) (cat# as-fs-003)进行cdna合成。针对低量样本（100pg至200ng rna），建议使用rtstar™ preamp cdna synthesis kit (cat# as-fs-006)进行cdna合成及预扩增步骤。
近年来，snorna已成为疾病领域特别是癌症领域的研究热点。snorna在血液、痰液以及尿液中稳定存在，是高潜能的疾病诊断分子标志物。arraystar公司推出的nrstar™ human和mouse snorna pcr array，包含了359条和370条从权威数据库snopy 与 snorna-lbme-db精心挑选的snorna，是进行snorna表达检测与功能研究必不可少的工具。
核仁小rna (snorna) 是一类中等长度的非编码小rna分子，其长度60-300 nt不等，是snornps复合物的主要成员之一[1]。在snornp复合物中，snorna通过碱基互补原理识别rrna上的特定位点，引导复合物对这些位点进行2＇-o甲基化和假尿嘧啶化修饰。在脊椎动物中，核仁小rna的编码基因主要位于蛋白编码基因的内含子区，其转录产物经转录后加工形成成熟的核仁小rna[2]。snorna参与多种生物学过程，包括rrna的加工处理，rna剪接和翻译，以及对氧化应激反应的调控[3]。根据snorna结构与功能的不同，可将snorna分为两大类：负责2＇-o甲基化的box c/d snorna和负责假尿嘧啶化的box h/aca snorna[1]。另外，还存在一类比较特殊的snorna— scarnas。scarnas特异表达于细胞核的cajal小体，具有类似的c/ d box或h/ aca box结构[4]。snorna还产生类似mirna的短片段非编码rna，可与ago蛋白结合并识别靶向mrna序列，调控其翻译过程[5]。
多项研究表明，snorna在肿瘤中异常表达，并在肿瘤转移过程中扮演着重要角色。有些snorna可作为肿瘤促进剂或抑制剂发挥功能[6-7]。例如，snord50a/b具有结合k-ras并抑制其活性的功能，常在癌症中发生缺失突变[8]；snord44 (rnu44) 和snord43 (rnu43) 与乳腺癌的不良预后有关[9]；snora80e (snora42) 在肺癌中作为癌基因存在，抑制snora42的表达能够产生明显的抗癌作用[10]。c/d box 类snornas在癌症中普遍高表达[11]。此外，snorna在神经退行性疾病的发生发展过程也发挥着关键作用。
nrstar™ snorna pcr array服务列表
| 服务名称 | 芯片 | 规格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| nrstar™ human snorna pcr array service | nrstar™ human snorna pcr array | 384-well plate | 359条snorna，7条snorna靶向snrna和 4条snornps复合物成员mrna |
| nrstar™ mouse snorna pcr array service | nrstar™ mouse snorna pcr array | 384-well plate | 370条snorna |
芯片特点
•高覆盖范围—同一块384孔板上覆盖了snorna，snorna靶向snrna以及snornp复合物成员，是目前市场上专业检测snorna的pcr芯片
•高灵敏度–只需50 ng总rna，无需扩增
•稳定有效的pcr引物– 所有引物均在不同的细胞组织样本中通过严格验证
•简单快速–无需扩增，只需将反转好的cdna与sybr® green master mix混合加入到板中，然后运行qpcr, 4小时内即能得到实验结果
•疾病分子标志物筛选–高覆盖度、灵敏度、准确率以及高通量，帮助研究者更快进行疾病分子标志物筛选与验证
pcr芯片所包含的snorna列表
snopy ：
snorna-lbme-db：
nrstar™ human snorna pcr array
|
c/d box（213） snord4a; snord5; snord6; snord7; snord8; snord9; snord10; snord119; snord121a;snord121b;snord123;snord124;snord126;snord127; snord1a;snord1b;snord1c;snord2;snord101;snord102;snord103; snord103b;snord104;snord105;snord105b;snord12c;snord13; snord14a;snord14b;snord15a;snord15b;snord16;snord18a; snord18b;snord18c;snord20;snord21;snord22;snord24; snord25;snord26;snord27;snord28;snord3;snord30;snord31; snord32a;snord32b;snord33;snord34;snord35a;snord35b; snord36a;snord36b;snord36c;snord37;snord38a;snord38b; snord41;snord42a;snord42b;snord43;snord4b;u97;snord96b; snord96a;snord95;snord94;snord86;snord84;snord83b; snord83a;snord117;snord82;snord81;snord80;snord118; snord78;snord77;snord76;snord75;snord73a;snord63;snord62b; snord61;snord60; snord59b; snord59a; snord58b; snord58c; snord57;snord56;snord55;snord54;snord53;snord52;snord51; snord50; sord50b; snord48; snord47; snord46; snord45a; snord45b; snord45c; snord44;snord12;snord12b;snord112;snord113-1;snord114-1;snord17; snord19; snord19b; snord23; snord65; snord66; snord67; snord88a/b/c; snord68;snord69;snord70;snord71;snord72;snord85;snord87; snord90; snord91a; snord91b; snord92; snord93; snord98; snord99; snord100; snord109a/b; snord115-1; snord110; snord111; snord111b; snord116-1; snord11;snord11b;snord12;snord12b;snord113-2;snord113-4；snord113-5; snord113-6; snord113-7; snord113-8; snord113-9/ snord113-3; snord114-10/18; snord114-11; snord114-12/14; snord114-13; snord114-15/3/5/21/23/25/26; snord114-17/4; snord114-19; snord114-2; snord114-20/21/22/28; snord114-24; snord114-29/30; snord114-31; snord114-6/9; snord114-7; snord115-11; snord115-12; snord115-17/18/23; snord115-27/29/30;snord115-28; snord115-36; snord115-37; snord115-48; snord116-11; snord116-12/16/17/18/21/22/24; snord116-13/14/15/20; snord116-19; snord116-23;snord116-25/26; snord116-27/29/30; snord116-28; snord116-5; snord116-6; snord116-9; snord79; snord58a; snord49a; snord49b; snord45bl2;snord42bl1;[email protected];[email protected];snord118l14; snord3l3;snord118l11;snord68l1;snord118l9;[email protected]; snord74l5;snord45bl1; snord65l2; snord23; snord38bl3; snord44l1; snord74l4; snord45bl3; snord56l7; snord77l3; snord41l1; snora25l14; snord75l2; snord114-15l1; u3.41-201; snord53l1; snord55l1; snord62bl1; snord51l1 |
|
h/aca box（122） snora10; snora13; snora14a; snora14b; snora15; snora16; snora17; snora18; snora19; snora21; snora22; snora23; snora24; snora25; snora28; snora3; snora2b; snora45; snora30; snora31; snora33; snora34; snora36; snora36b; snora37; snora38; snora39; snora4; snora41; snora42; snora43; snora44; snora46; snora48; snora49; snora5a; snora50; snora51; snora52; snora53; snora54; snora55; snora56; snora58; snora59; snora5b; snora5c; snora6; snora60; snora61; snora77; snora80; snora80b; snora7a; snora8; snora9; snora62; snora63; snora47; snora35; snora26; snora11b; snora11d; snora11e; snora36c; snora38b; snora84; snora11; snora12; snora73a; snora73b; snora74a; snora74b; snora64; snora65; snora66; snora67; snora70; snora70b; snora70c; snora70d; snora70e; snora70f; snora71a; snora71b; snora72; snora99; snora71d; snora20; snora27; snora29; snora32; snora40; snora78; hbi-61; snora11c; snora68; snora69; snora16b; snora1; snora72l7; snora64l2; snora18l1; snora62l2; al137790.4; snora11dl1; snora51l11; snora10l1; snora12l2; snora11el1; snora70bl6; snora20l1; snora63l9; snora18l2; snora20l4; snora11bl2; snora67l1; snora32l2; snora2al1; snora43l2; snora12l1; snora62l4 |
|
cajal body-specific scarnas（24） scarna18; htr; hbii-382; scarna13; scarna8; scarna17; scarna7; scarna12; scarna6; scarna5; scarna10; scarna14; mgu2-25/61; scarna9; mgu12-22/u4-8; hbi-100; aca68; aca66; scarna11; scarna16; scarna1; scarna4; scarna23; scarna22 |
nrstar™ human snorna pcr array
| c/d box(134) 300055_snord116; 300078_snord49; 300079_snord49; 300080_snord65; 300108_snord38; 300110_snord50; 300116_snord115; 300118_snord115; 300144_snord115; 300189_snord113; 300194_snord93; 300222_snord115; 300273_snord113; 300274_snord113; 300275_snord113; 300277_snord113; 300278_snord113; 300308_snord58; 300357_snord60; 300375_snord12; 300441_snord115; 300489_snord86; 300524_snord86; 300528_snord113; 300529_snord113; 300530_snord113; 300531_snord113; 300532_snord113; 300537_snord64; 300543_snord89; 300559_snord30; 300561_snord113; 300562_snord14; 300613_snord99; 300615_snord52; 300616_snord48; 300617_snord52; 300638_snord78; 300639_snord79; 300641_snord47; 300642_snord81; 300645_snord115; 300647_snord115; 300662_snord115; 300674_snord116; 300677_snord70; 300706_snord81; 300709_snord25; 300710_snord26; 300711_snord27; 300712_snord28; 300713_snord29; 300714_snord30; 300715_snord31; 300716_snord22; 300721_snord87; 300732_snord63; 300734_snord58; 300739_snord94; 300746_snord23;300751_snord88; 300752_snord35; 300753_snord35; 300754_snord34; 300756_snord32; 300759_snord15; 300760_snord15; 300771_snord21; 300778_snord102; 300782_snord70; 300784_snord51; 300789_snord20; 300790_snord82; 300795_snord74; 300796_snord75; 300797_snord24; 300808_snord41; 300812_snord71; 300813_snord111; 300814_snord111; 300818_snord69; 300819_snord19; 300820_snord19; 300832_snord61; 300843_snord100; 300844_snord101; 300845_snord98; 300846_snord37; 300851_snord59; 300852_snord72; 300858_snord43; 300873_snord66; 300886_snord105; 300887_snord14; 300888_snord14; 300889_snord14; 300890_snord18; 300891_snord16; 300892_snord18; 300893_snord16; 300894_snord18; 300903_snord73; 300904_snord73; 300907_snord62; 300909_snord45; 300910_snord45; 300916_snord83; 300917_snord83; 300918_snord92; 300919_snord53; 300920_snord53; 300930_snord95; 300931_snord96; 300936_snord91; 300937_snord42; 300939_snord42; 300954_snord38; 300955_snord38; 300956_snord46; 300957_snord55; 300961_snord85; 300962_snord103; 300966_snord24; 300967_snord36; 300968_snord36; 300974_snord90; 300976_snord67; 300980_snord110; 300982_snord56; 300983_snord57; 300985_snord17; 300988_snord12; 300989_snord12; 300990_snord12 |
|
h/aca box(221) 300000_snora17; 300001_snora65; 300003_snora17; 300004_snora73; 300010_snora17; 300011_snora17; 300013_snora75; 300016_snora51; 300019_snora25; 300020_snora43; 300021_snora17; 300023_snora2; 300025_snora44; 300031_snora17; 300033_snora76; 300037_snora17; 300038_snora17; 300040_snora17; 300044_snora2; 300045_snora44; 300049_snora70; 300074_snora63; 300075_snora25; 300089_snora58; 300092_snora30; 300097_snora8; 300098_snora1; 300100_snora32; 300102_snora17; 300104_snora73; 300111_snora17; 300112_snora32; 300113_snora17; 300115_snora70; 300167_snora33; 300175_snora73; 300177_snora17; 300195_snora17; 300196_snora17; 300265_snora17; 300266_snora70; 300271_snora70; 300279_snora71; 300284_snora17; 300285_snora17; 300288_snora70; 300289_snora17; 300295_snora71; 300304_snora9; 300311_snora61; 300312_snora17; 300313_snora17; 300315_snora67; 300319_snora32; 300320_snora70; 300322_snora38; 300327_snora17; 300330_snora28; 300343_snora71; 300354_snora46; 300358_snora43; 300367_snora65; 300368_snora17; 300385_snora17; 300391_snora31; 300393_snora17; 300398_snora71; 300400_snora46; 300401_snora67; 300406_snora17; 300410_snora57; 300411_snora67; 300413_snora68; 300414_snora17; 300417_snora71; 300418_snora71; 300421_snora4; 300428_snora55; 300430_snora66; 300432_snora17; 300434_snora70; 300447_snora17; 300451_snora13; 300456_snora2; 300458_snora17; 300461_snora2; 300464_snora17; 300467_snora42; 300468_snora3; 300477_snora24; 300479_snora25; 300480_snora17; 300486_snora51; 300490_snora55; 300491_snora17;300496_snora17; 300498_snora44; 300500_snora24; 300501_snora44; 300512_snora17; 300515_snora17; 300526_snora79; 300533_snora71; 300534_snora61; 300535_snora7; 300548_snora17; 300550_snora74; 300555_snora63; 300564_snora73; 300586_snora73; 300590_snora17; 300591_snora17; 300595_snora70; 300608_snora17; 300610_snora16; 300622_snora70; 300623_snora2; 300624_snora38; 300626_snora7; 300629_snora55; 300632_snora17; 300635_snora73; 300637_snora17; 300643_snora63; 300668_snora42; 300670_snora51; 300673_snora70; 300675_snora20; 300693_snora24; 300694_snora62; 300697_snora17; 300703_snora71; 300704_snora26; 300707_snora61; 300718_snora17; 300720_snora38; 300724_snora44; 300730_snora17; 300731_snora70; 300738_snora5; 300740_snora73; 300741_snora36; 300742_snora63; 300743_snora7; 300745_snora70; 300747_snora40; 300757_snora70; 300758_snora32; 300763_snora13; 300764_snora23; 300765_snora24; 300766_snora17; 300768_snora52; 300769_snora54; 300775_snora49; 300777_snora22; 300779_snora27; 300781_snora33; 300785_snora41; 300787_snora26; 300788_snora75; 300793_snora61; 300798_snora17; 300800_snora19;300801_snora42; 300802_snora12; 300803_snora32; 300805_snora3; 300807_snora68; 300809_snora46; 300810_snora50; 300817_snora14; 300821_snora74; 300823_snora26; 300824_snora36; 300825_snora31; 300826_snora5; 300828_snora36; 300829_snora69; 300831_snora17; 300834_snora72; 300835_snora35; 300836_snora11; 300839_snora70; 300847_snora53; 300848_snora79; 300853_snora17; 300854_snora72; 300856_snora11; 300859_snora2; 300861_snora73; 300862_snora55; 300863_snora24; 300870_snora17; 300872_snora77; 300874_snora63; 300875_snora63; 300877_snora17; 300882_snora2; 300883_snora24; 300897_snora61; 300898_snora62; 300899_snora73; 300900_snora62; 300901_snora69; 300905_snora58; 300908_snora5; 300912_snora29; 300913_snora20; 300914_snora64; 300923_snora21; 300926_snora28; 300927_snora5; 300929_snora24; 300933_snora29; 300949_snora17; 300958_snora18; 300965_snora32; 300977_snora11; 300979_snora25; 300986_snora71 |
|
other snornas(15) 300032_snornd104; 300099_snoz40;300317_snoz30; 300640_snosnr60_z15; 300755_snoz195; 300792_snou6-53; 300816_snombii-202; 300822_snou6-53; 300857_snou83b; 300871_snou2-30; 300884_snou2-30; 300938_snoz17; 300947_snr38-2; 300948_snr38-3 |
snorna pcr芯片实验流程
1.rna抽提与质量检测pcr扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用pcr仪自带软件导出原始数据。出具raw data文件夹，包含原始ct值、pcr扩增曲线图和熔解曲线图。
snorna pcr芯片数据分析流程
1.pcr芯片数据质控
质控参数：ct(blank)>35; ct(gdc)>35; ct(rna spike-in)<25; ct (ppc) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。
2.数据校正与△ct值计算
板间校正：使用ct(ppc)对不同pcr板进行板间校正。
内参校正与△ct值计算：挑选优质内参，使用内参均值计算△ct值。
3.差异倍数计算 (2^(-△△ct))
使用 △△ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4.p值计算
对样本组进行t检验，计算p值。
5.其他常规数据分析
散点图分析；火山图分析；top20表达上调和下调snorna柱形图分析
6.提供服务报告与数据分析结果
a.arraystar服务报告（包括rna样本qc和详细实验数据分析步骤）
b.excel芯片结果汇总表（包括snorna列表，数据分析结果和各类图表）
c.raw data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)
arraystar snorna pcr芯片服务部分结果展示
1.差异表达snorna列表（默认筛选参数：差异倍数>2；p<0.05，客户可指定筛选参数值）
2.散点图 (黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为2)
3.火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为2；蓝色水平线代表p值为0.05）
4.top20表达上调snorna柱状图
5.top20表达下调snorna柱状图
