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详尽的超级增强子lncrna（se-lncrna）和靶基因注释信息

arraystar超级增强子lncrna (se-lncrna) 芯片创新性地同时收录se-lncrna及其靶基因，并为深入研究se-lncrna提供详尽参考信息。已有研究表明，se-lncrna在肌肉、心脏和红细胞的发育过程，以及癌症、心肌梗死等疾病中发挥重要功能。arraystar公司为每个se-lncrna提供全面详尽的注释以便于交叉引用，帮助您深入了解se-lncrna的生物学功能。

邻近靶基因信息

se-lncrna常通过顺式作用调控邻近基因的表达，是其最主要的作用机制之一。比如，hand2是控制成纤维细胞向心肌细胞分化的核心转录因子之一，其表达受到邻近se-lncrna uph的调节[1]；从myc上游的超级增强子区域转录出的se-lncrna ccat1-l介导myc启动子区与增强子区之间的染色体成环过程，从而调控myc基因表达[2]；转录因子myod基因上游的超级增强子区所转录的se-lncrna可招募染色体重构因子、促进rna聚合酶ii与myod启动子区结合[3]。arraystar提供与se-lncrna基因位置重叠或在其转录起始位点50 kb以内的基因信息，可帮助研究人员快速找到受se-lncrna调控的潜在靶基因。

图1. se-lncrna与其邻近基因示例。se-lncrna uph与邻近基因hand2（上）[1]；se-lncrna ccat1-l与邻近基因myc（中）[2]；se-lncrnacerna与邻近基因myod1（下）[3]。

图2.se-lncrna参与调控邻近基因表达。myod是肌细胞生成过程中的一种核心转录因子，能与其它核心转录因子一起调控肌细胞分化过程中的基因表达。在肌细胞分化信号的刺激下，myod基因上游的超级增强子区域中的核心增强子元件（ce）可转录产生se-lncrna——cerna。cerna招募染色体重构因子，打开致密的染色体结构，使得rna聚合酶ii（rnapii）与myod启动子区结合，从而促进myod基因的表达。不仅如此，myod转录因子还能进一步促进cerna转录，形成正反馈调节[3, 4] 。

super-lncrna

super-lncrna是指与超级增强子区域形成rna:dna:dna三螺旋的lncrna，可招募调控因子至超级增强子区，从而影响染色体结构，并作为空间放大器，促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。多数super-lncrna都转录自超级增强子区域，因此，许多se-lncrna都具有super-lncrna的功能。这些注释将为此类se-lncrna研究提供非常可行的探索方向。

亚细胞定位

lncrna的功能机制与其细胞中的位置密切相关，比如位于细胞核或染色体的lncrna常参与表观遗传调控，而细胞质中的lncrna具有调控翻译、吸附mirna等功能。因此，se-lncrna的亚细胞定位信息对于推测se-lncrna的功能机制具有很大帮助。

组织或细胞特异性

超级增强子呈现严格的组织或时序特异性，与其调控组织特异性的基因表达紧密关联。超级增强子区域的转录是其处于激活状态的显著标志之一，不仅如此，来源于超级增强子的se-lncrna还通过多种方式协助完成超级增强子的基因调控功能。se-lncrna的细胞谱系特异性可为研究其功能提供非常有效的信息。

癌症或疾病相关se-lncrna

包含了lnc2cancer数据库中收录的se-lncrna与癌症的关联信息，以及lncrnadisease数据库中收录的se-lncrna与人类疾病的关联信息。

参考文献

1. anderson km et al: transcription of the non-coding rna upperhand controls hand2 expression and heart development. nature 2016, 539(7629):433-436.[pmid: 27783597]

2. xiang jf et al: human colorectal cancer-specific ccat1-l lncrna regulates long-range chromatin interactions at the myc locus. cell res 2014, 24(5):513-531.[pmid: 24662484]

3. mousavi k et al: ernas promote transcription by establishing chromatin accessibility at defined genomic loci. mol cell 2013, 51(5):606-617.[pmid: 23993744]

4. shiekhattar r: opening the chromatin by ernas. mol cell 2013, 51(5):557-558.[pmid: 24034693]