技术优势:
● 专注非编码rna领域,完善的lncrna启动子分析流程
● 可与lncrna表达谱芯片联合应用,实现平台间无缝对接
● 可视化数据展示,提供paper级结果图表
● 优化的ip实验方法,可信赖的检测平台及数据结果
介绍:
人类基因组中仅有约2%的dna序列最终编码生成蛋白质,其余绝大部分区域转录形成长链非编码rna。随着lncrna的生物学功能的发现,这些原先被认为是“junk dna”的区域的研究地位上升为“暗物质”。lncrna的转录受到严格的调控,其表达谱细胞特异性和组织特异性甚至高于蛋白编码基因。寻找和发现疾病过程中lncrna表达变化的原因,了解lncrna上游调控机制,是lncrna研究领域重要组成部分,而表观遗传学正是从基因组层面研究rna转录调控的重要领域。
启动子区域的dna的甲基化对rna的转录起抑制作用。研究发现,在肝癌以及精神分裂患者样品中转录形成lncrna meg3的基因组区域发生dna甲基化修饰程度的异常改变;食管癌具有特征性lncrna启动子dna甲基图谱,其区分癌与癌旁组织的效果要优于mrna启动子;乳腺癌中高达57.18%的lncrna发生启动子dna甲基化水平的改变,lncrna启动子的甲基化程度和lncrna的表达水平显著相关。
康成生物在medip-seq数据中加入lncrna启动子dna甲基化分析,客户可以同时得到lncrna,mrna的dna甲基化相关数据,可与arraystar lncrna芯片联合应用,实现两个平台的无缝对接。lncrna启动子分析同样适用于hmedip-seq平台,可以快速便捷地确定dna羟甲基化修饰在lncrna启动子区域的分布。
图1. 甲基化/羟甲基化测序lncrna启动子分析流程
重要数据结果展示:
1. 两组/个样品的lncrna启动子差异(羟)甲基化分析
康成生物使用软件分析两组/个样品间的差异(羟)甲基化区域。与传统的先合并reads,再计算差异富集区,或者先分别计算差异富集区,再合并的方法相比,这种方法更加稳健,能够更好地利用重复数据内的变异,获得更好的统计结果。根据基因组坐标,利用ucsc refseq数据库对位于lncrna启动子区(tss - 2000 bp到tss 2000 bp)的差异(羟)甲基化区域进行注释。
表1:lncrna启动子差异甲基化区域列表
2. 与lncrna表达谱芯片的联合分析
甲基化测序/羟甲基化测序数据和lncrna表达谱数据结合分析,可绘制差异(羟)甲基化情况聚类热图。
图2. dna羟甲基化测序与lncrna 表达谱联合分析聚类图
3. lncrna启动子甲基化/羟甲基化可视化分析
甲基化测序/羟甲基化测序结果中的wig文件能够上传到ucsc基因组浏览器中,以进行lncrna启动子区域信号的可视化。
图3. 可视化分析
参考文献
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