康成生物丨数谱生物特色分析——lncrna启动子dna甲基化/羟甲基化测序分析-凯发app

康成生物丨数谱生物特色分析——lncrna启动子dna甲基化/羟甲基化测序分析

技术优势：

● 专注非编码rna领域，完善的lncrna启动子分析流程

● 可与lncrna表达谱芯片联合应用，实现平台间无缝对接

● 可视化数据展示，提供paper级结果图表

● 优化的ip实验方法，可信赖的检测平台及数据结果

介绍：

人类基因组中仅有约2%的dna序列最终编码生成蛋白质，其余绝大部分区域转录形成长链非编码rna。随着lncrna的生物学功能的发现，这些原先被认为是“junk dna”的区域的研究地位上升为“暗物质”。lncrna的转录受到严格的调控，其表达谱细胞特异性和组织特异性甚至高于蛋白编码基因。寻找和发现疾病过程中lncrna表达变化的原因，了解lncrna上游调控机制，是lncrna研究领域重要组成部分，而表观遗传学正是从基因组层面研究rna转录调控的重要领域。

启动子区域的dna的甲基化对rna的转录起抑制作用。研究发现，在肝癌以及精神分裂患者样品中转录形成lncrna meg3的基因组区域发生dna甲基化修饰程度的异常改变；食管癌具有特征性lncrna启动子dna甲基图谱，其区分癌与癌旁组织的效果要优于mrna启动子；乳腺癌中高达57.18%的lncrna发生启动子dna甲基化水平的改变，lncrna启动子的甲基化程度和lncrna的表达水平显著相关。

康成生物在medip-seq数据中加入lncrna启动子dna甲基化分析，客户可以同时得到lncrna，mrna的dna甲基化相关数据，可与arraystar lncrna芯片联合应用，实现两个平台的无缝对接。lncrna启动子分析同样适用于hmedip-seq平台，可以快速便捷地确定dna羟甲基化修饰在lncrna启动子区域的分布。

图1. 甲基化/羟甲基化测序lncrna启动子分析流程

重要数据结果展示：

1. 两组/个样品的lncrna启动子差异（羟）甲基化分析

康成生物使用软件分析两组/个样品间的差异(羟)甲基化区域。与传统的先合并reads，再计算差异富集区，或者先分别计算差异富集区，再合并的方法相比，这种方法更加稳健，能够更好地利用重复数据内的变异，获得更好的统计结果。根据基因组坐标，利用ucsc refseq数据库对位于lncrna启动子区（tss - 2000 bp到tss 2000 bp）的差异（羟）甲基化区域进行注释。

表1：lncrna启动子差异甲基化区域列表

2. 与lncrna表达谱芯片的联合分析

甲基化测序/羟甲基化测序数据和lncrna表达谱数据结合分析，可绘制差异（羟）甲基化情况聚类热图。

图2. dna羟甲基化测序与lncrna 表达谱联合分析聚类图

3. lncrna启动子甲基化/羟甲基化可视化分析

甲基化测序/羟甲基化测序结果中的wig文件能够上传到ucsc基因组浏览器中，以进行lncrna启动子区域信号的可视化。

图3. 可视化分析

参考文献

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