超级增强子lncrna芯片

• 简介
• 芯片特点
• 数据库
• 实验流程

•        超级增强子lncrna（se-lncrna）是一类由超级增强子区域转录而来的lncrna。该lncrna与超级增强子一起，调控特定细胞谱系发育和身份决定过程中的基因表达。se-lncrna与多种疾病有关，许多病理性表型都伴随着se-lncrna表达水平的显著变化[1-3]。se-lncrna表达水平检测对于研究超级增强子活性、功能机制和疾病相关性都十分必需。arraystar公司开发了市场上首款se-lncrna芯片，可同时对se-lncrna以及受其调控的编码基因进行全面、系统的表达检测。arraystar se-lncrna芯片目前包含人和小鼠两个版本。

  康成生物是arraystar中国区唯一代理商，独家为您提供arraystar公司超级增强子lncrna芯片全程一站式技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。同时，根据您的研究需要，康成还提供各种深入数据挖掘服务。

  服务	芯片	规格	描述
  human se-lncrna 芯片服务	arraystar human se-lncrna microarray	8 * 15k	se-lncrnas (7753） mrnas (7040)
  mouse se-lncrna芯片服务	arraystar mouse se-lncrna microarray	8 * 15k	se-lncrnas (8222)  mrnas (6385)

  参考文献

  1. bradner je, hnisz d, young ra: transcriptional addiction in cancer. cell 2017, 168(4):629-643.[pmid: 28187285]

  2. alvarez-dominguez jr, knoll m, gromatzky aa, lodish hf: the super-enhancer-derived alncrna-ec7/bloodlinc potentiates red blood cell development in trans. cell rep 2017, 19(12):2503-2514.[pmid: 28636939]

  3. xiang jf et al: human colorectal cancer-specific ccat1-l lncrna regulates long-range chromatin interactions at the myc locus. cell res 2014, 24(5):513-531.[pmid: 24662484]

  4. vucicevic d et al: long ncrna expression associates with tissue-specific enhancers. cell cycle 2015, 14(2):253-260.[pmid: 25607649]

  5. hon cc et al: an atlas of human long non-coding rnas with accurate 5' ends. nature 2017, 543(7644):199-204.[pmid: 28241135]

  6. soibam b: super-lncrnas: identification of lncrnas that target super-enhancers via rna:dna:dna triplex formation. rna 2017, 23(11):1729-1742.[pmid: 28839111]

• 强大而可靠的se-lncrna收集与鉴定方法

      ● lncrna信息来自arraystar公司所专有的高质量的转录组与lncrna数据库

          - 收集整理了refseq, ucsc knowngene, gencode, lncrnadb, rnadb, nred和lncrna catalogs等权威数据库中的lncrna

          - 收集了注释完善、经过实验验证和有pubmed索引的“金标准”lncrna

          - 手动收集了权威期刊上新出现的lncrna

      ● 超级增强子区域信息来自dbsuper数据库

      ● mapping到超级增强子区域的lncrna被鉴定为se-lncrna

  

  图1.arraystar se-lncrna芯片内容收集流程图

  
  

  一块芯片同时检测se-lncrna及其靶基因的表达水平，可直观、精确的找到二者之间的调控关系

  针对特定的外显子或剪接区域设计探针，特异性的区分se-lncrna的不同isoform（图2）；灵敏度高，可检测到细胞中的单拷贝转录本

  

  图2.探针#2可特异性的检测isoform ccat1-l

  
  

  提供超级增强子、超级增强子lncrna与其靶基因的详尽注释信息

  
  

  

  

  图3.se-lncrna注释信息示例

  
  

  
  

  
  

• 人se-lncrna芯片参数

  
  

  探针总数	14873
  探针长度	60 nt
  探针挑选策略	挑选针对se-lncrna特异外显子或剪接位点的探针
  探针特异性	转录本特异性
  标记方法	使用高效的线性扩增方法来产生荧光标记的crna，灵敏检测低拷贝转录本
  se-lncrnas & super-lncrnas检测数目	7753
  se-lncrnas靶基因检测数目	7040
  se-lncrnas来源	- 从arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncrna和可靠性高的lncrna，然后与dbsuper数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncrna被鉴定为se-lncrna。 - 从文献[4, 5]收集增强子lncrna，若该增强子位于超级增强子区，则被认为是se-lncrna。
  super-lncrnas 来源	super-lncrna是指与超级增强子区域形成rna:dna:dna三螺旋的lncrna，可招募调控因子至超级增强子区，从而影响染色体结构，并作为空间放大器，促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。主要收集于文献[6]。
  se-lncrna靶基因来源	与se-lncrna基因组位置重叠或在其转录起始位点50 kb以内的refseq基因被收集为se-lncrna靶基因。这些基因还包含了来自tf checkpoint数据库中的3153个转录因子基因与来自bushman lab数据库中的1448个癌症相关基因。
  芯片规格	8 * 15k

  

  图4.arraystar公司人se-lncrna芯片内容。

  
  

  小鼠se-lncrna芯片参数

  探针总数	14637
  探针长度	60 nt
  探针挑选策略	挑选针对se-lncrna特异外显子或剪接位点的探针
  探针特异性	转录本特异性
  标记方法	使用高效的线性扩增方法来产生荧光标记的crna，灵敏检测低拷贝转录本
  se-lncrnas检测数目	8222
  se-lncrnas靶基因检测数目	6385
  se-lncrnas来源	从arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncrna和可靠性高的lncrna，然后与dbsuper数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncrna被鉴定为se-lncrna。
  se-lncrna靶基因来源	与se-lncrna基因组位置重叠或在其转录起始位点50 kb以内的refseq基因被收集为se-lncrna靶基因。这些基因还包含了来自tf checkpoint数据库中的2883个转录因子基因与来自sbcddb数据库中的593个癌症相关基因。
  芯片规格	8 * 15k

  

  图5.arraystar公司小鼠se-lncrna芯片内容。

  
  

• 1.样品总rna抽提

         若实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的rna抽提试剂trizol（invitrogen），匀浆后抽提rna。
         若实验对象为细胞样品，每份样品取1×106~1×107细胞，完全吸去培养液后加1ml的rna抽提试剂trizol（invitrogen），裂解后抽提rna。
  2. rna质量检测
         使用nanodrop测定rna在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。

         使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测rna纯度及完整性
  3. cdna样品合成和crna标记
  4.标记效率质量检测
         使用nanodrop检测荧光标记效率，以保证后续芯片实验结果的可靠性。
  5.芯片杂交
         在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
  6.图像采集和数据分析
         使用genepix 4000b芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
  7.提供实验报告
         芯片扫描图
         实验方法中英文报告
         rna质检报告
         芯片数据结果报告，包括差异表达se-lncrna列表，差异表达基因列表