转运rna(trna)是一类广泛存在于生物体内,在肽链合成中负责氨基酸转运的非编码小rna分子。最新研究表明,trna除参与肽链合成外,还参与多种生理病理学过程[1] 。不同机体组织与细胞的转录组存在明显差异,且不同mrna的密码子使用偏好性不同,使得所需的trna库存在显著差异。trna库与转录组密码子的匹配度影响着翻译效率和准确性[2-4]。增殖[5]、分化[5, 6]和凋亡[7]等细胞生理状态都受到trna库变化的影响。再者,许多研究表明trna库在肿瘤[5, 8-12]、ⅱ型糖尿病[13]、亨廷顿舞蹈症[14]以及病毒感染[15]等疾病的发生发展中起着重要的调控作用。trna具有丰富的转录后修饰,这些修饰为trna功能发挥所必须,然而却不利于trna测序文库的构建。此外,trna的3'端需与氨基酸偶联方能参与蛋白翻译,然而这些氨酰基末端会阻碍测序接头的连接。为了获得真实可靠的trna测序结果,康成生物采用由arraystar公司开发的trna测序流程,很好的解决了trna测序文库构建中的问题(图1),并且提供完整的数据分析报告。
康成生物基于illumina高通量测序平台,为您提供一站式trna测序服务,您只需要提供保存完好的total rna、组织或者细胞样本,康成的技术人员即可为您完成全部实验操作,包括文库构建、高通量测序和数据分析,并且提供直接可用的数据报告及paper级结果图表。
参考文献 |
● 有效的去除了trna的内部修饰与末端修饰,使得trna-seq达到了前所未有的检测效率与精确度
● 优良的trna测序方法学,严格的质控过程
● 全面的trna转录组参考库,综合了所有的权威数据库
● 详尽的trna注释信息与生物信息学分析
● 可直接用于文章发表的高质量图片
● 无缝链接康成生物提供的其它trna分析服务平台,包括trf&tirna-seq, trf&tirna pcr array, trna repertoire pcr array, trna modification enzymes pcr array与lc-ms based trna mod-ification analysis.
康成生物数据分析结果展示
1.基本数据分析结果展示
1.1 trna表达定量
康成生物利用arraystar独有的trna数据分析流程,提供信息全面的数据集(图2)。除各trna表达量外,还额外提供有trna二级结构及密码子位置等相关信息,更好地为客户后续科研助力。
图2:全面的trna测序结果数据集
1.2 trna差异表达分析
分析trna表达谱,挖掘差异表达trna分子;通过heatmap、scatter diagram、volcano plot等统计图形能够清晰明确的展示样本之间的trna表达差异性(图3)。
图3:trna差异表达heatmap、scatter diagram和volcano plot。
2.特色数据展示
2.1各反密码子trna表达量
密码子的不同影响着mrna的翻译效率和稳定性,了解每个反密码子的表达量对于蛋白谱研究具有更好的指导意义。
图4:反密码子trna表达量分析