trna测序

• 简介
• 产品特点
• 结果展示

•        转运rna（trna）是一类广泛存在于生物体内，在肽链合成中负责氨基酸转运的非编码小rna分子。最新研究表明，trna除参与肽链合成外，还参与多种生理病理学过程^[1] 。不同机体组织与细胞的转录组存在明显差异，且不同mrna的密码子使用偏好性不同，使得所需的trna库存在显著差异。trna库与转录组密码子的匹配度影响着翻译效率和准确性^[2-4]。增殖^[5]、分化^{[5, 6]}和凋亡^[7]等细胞生理状态都受到trna库变化的影响。再者，许多研究表明trna库在肿瘤^{[5, 8-12]}、ⅱ型糖尿病^[13]、亨廷顿舞蹈症^[14]以及病毒感染^[15]等疾病的发生发展中起着重要的调控作用。trna具有丰富的转录后修饰，这些修饰为trna功能发挥所必须，然而却不利于trna测序文库的构建。此外，trna的3'端需与氨基酸偶联方能参与蛋白翻译，然而这些氨酰基末端会阻碍测序接头的连接。为了获得真实可靠的trna测序结果，康成生物采用由arraystar公司开发的trna测序流程，很好的解决了trna测序文库构建中的问题（图1），并且提供完整的数据分析报告。

  康成生物基于illumina高通量测序平台，为您提供一站式trna测序服务，您只需要提供保存完好的total rna、组织或者细胞样本，康成的技术人员即可为您完成全部实验操作，包括文库构建、高通量测序和数据分析，并且提供直接可用的数据报告及paper级结果图表。

  参考文献 [1] giege r. toward a more complete view of trna biology. nat struct mol biol 15, 1007-14. (2008), pmid:18836497. [2] drummond da, wilke co. mistranslation-induced protein misfolding as a dominant constraint on coding-sequence evolution. cell 134, 341-52. (2008), pmid:18662548. [3] plotkin jb, kudla g. synonymous but not the same: the causes and consequences of codon bias. nat rev genet 12, 32-42. (2011), pmid:21102527. [4] shah p, gilchrist ma. explaining complex codon usage patterns with selection for translational efficiency, mutation bias, and genetic drift. proc natl acad sci u s a 108, 10231-6. (2011), pmid:21646514. [5] gingold h, et al. a dual program for translation regulation in cellular proliferation and differentiation. cell 158, 1281-92. (2014), pmid:25215487. [6] pavon-eternod m, et al. overexpression of initiator methionine trna leads to global reprogramming of trna expression and increased proliferation in human epithelial cells. rna 19, 461-6. (2013), pmid:23431330. [7] mei y, et al. apoptotic regulation and trna. protein cell 1, 795-801. (2010), pmid:21113408. [8] goodarzi h, et al. modulated expression of specific trnas drives gene expression and cancer progression. cell 165, 1416-27. (2016), pmid:27259150. [9] berns a. a trna with oncogenic capacity. cell 133, 29-30. (2008), pmid:18394985. [10] waldman yy, et al. tp53 cancerous mutations exhibit selection for translation efficiency. cancer res 69, 8807-13. (2009), pmid:19887606. [11] kushner jp, et al. elevated methionine-trna synthetase activity in human colon cancer. proc soc exp biol med 153, 273-6. (1976), pmid:995958. [12] marshall l, et al. elevated trna(imet) synthesis can drive cell proliferation and oncogenic transformation. cell 133, 78-89. (2008), pmid:18394991. [13] krokowski d, et al. a self-defeating anabolic program leads to beta-cell apoptosis in endoplasmic reticulum stress-induced diabetes via regulation of amino acid flux. j biol chem 288, 17202-13. (2013), pmid:23645676. [14] girstmair h, et al. depletion of cognate charged transfer rna causes translational frameshifting within the expanded cag stretch in huntingtin. cell rep 3, 148-59. (2013), pmid:23352662. [15] van weringh a, et al. hiv-1 modulates the trna pool to improve translation efficiency. mol biol evol 28, 1827-34. (2011), pmid:21216840.

• ● 有效的去除了trna的内部修饰与末端修饰，使得trna-seq达到了前所未有的检测效率与精确度
  ● 优良的trna测序方法学，严格的质控过程
  ● 全面的trna转录组参考库，综合了所有的权威数据库
  ● 详尽的trna注释信息与生物信息学分析
  ● 可直接用于文章发表的高质量图片
  ● 无缝链接康成生物提供的其它trna分析服务平台，包括trf&tirna-seq, trf&tirna pcr array, trna repertoire pcr array, trna modification enzymes pcr array与lc-ms based trna mod-ification analysis.

• 康成生物数据分析结果展示
  1.基本数据分析结果展示
  1.1 trna表达定量
         康成生物利用arraystar独有的trna数据分析流程，提供信息全面的数据集（图2）。除各trna表达量外，还额外提供有trna二级结构及密码子位置等相关信息，更好地为客户后续科研助力。

  
  

  

  图2：全面的trna测序结果数据集

  
  

  1.2 trna差异表达分析
         分析trna表达谱，挖掘差异表达trna分子；通过heatmap、scatter diagram、volcano plot等统计图形能够清晰明确的展示样本之间的trna表达差异性（图3）。

  
  

   

  图3：trna差异表达heatmap、scatter diagram和volcano plot。

  
  

  2.特色数据展示
  2.1各反密码子trna表达量
         密码子的不同影响着mrna的翻译效率和稳定性，了解每个反密码子的表达量对于蛋白谱研究具有更好的指导意义。

  
  

   

  图4：反密码子trna表达量分析