mrna碱基修饰检测

  • 简介
  • 分析种类
  • 结果展示

  • mrna化学修饰的定量检测是表观转录组学研究所必不可少的环节。检测不同处理条件下的表观转录修饰变化将为下一步的研究提供重要线索。aksomics(原康成生物)的质谱检测平台能够为客户提供全面而准确的mrna修饰谱。利用agilent质谱仪,检测36种修饰碱基在各个样品中的修饰丰度。



    服务特色:

    ● 优化的前期处理与agilent优质设备 

    ● 全面而准确的碱基修饰分析


    分析流程:

    图释:lc-ms mrna修饰检测服务流程图。


  • number nucleoside symbol number nucleoside symbol
    01 3′-o-methyladenosine 3′-omea 19 1-methylguanosine m1g
    02 2′-o-methylcytidine cm 20 7-methylguanosine m7g
    03 5-methylcytidine m5c 21 n2-methylguanosine m2g
    04 n6-isopentenyladenosine i6a 22 3′-o-methylinosine 3′-omei
    05 5,2′-o-dimethylcytidine m5cm 23 2-thiouridine s2u
    06 1-methyladenosine m1a 24 4-thiouridine s4u
    07 2-thiocytidine s2c 25 5-methyluridine m5u
    08 n2,n2,7-trimethylguanosine m2,2,7g 26 n4-acetylcytidine ac4c
    09 n4-acetyl-2′-o-methylcytidine ac4cm 27 3′-o-methyluridine 3′-omeu
    10 n6-methyladenosine m6a 28 5-methyl-2-thiouridine m5s2u
    11 3-methylcytidine m3c 29 5-methoxyuridine mo5u
    12 3′-o-methylcytidine 3′-omec 30 pseudouridine ψ
    13 2′-o-methyladenosine am 31 2′-o-methylinosine im
    14 n2,n2-dimethylguanosine m22g 32 3-methyluridine m3u
    15 5′-o-methylthymidine 5′-omet 33 3′-o-methylguanosine 3′-omeg
    16 2′-o-methyluridine um 34 1-methylpseudouridine m1ψ
    17 inosine i 35 5-hydroxymethylcytidine hm5c
    18 2′-o-methylguanosine gm 36 5,2′-o-dimethyluridine m5um
  • 1. 修饰定量分析

    图释:mrna修饰数量分析图。


    2. 总离子流程图

    图释:总离子流程图


    3. 不同离子对合并peak图

           优化的前期处理与agilent优质设备,确保了各修饰碱基之间具有很好的区分度。

    图释:不同离子对合并peak图。


    4. 差异性mrna修饰

          对不同样本间的修饰丰度进行比较分析,发现具有差异修饰的核苷酸。这些修饰的差异可能导致mrna在成熟、稳定性以及翻译等方面明显的差异。


    图释:mrna修饰heatmap图。