mrna化学修饰的定量检测是表观转录组学研究所必不可少的环节。检测不同处理条件下的表观转录修饰变化将为下一步的研究提供重要线索。aksomics(原康成生物)的质谱检测平台能够为客户提供全面而准确的mrna修饰谱。利用agilent质谱仪,检测36种修饰碱基在各个样品中的修饰丰度。
服务特色:
● 优化的前期处理与agilent优质设备
● 全面而准确的碱基修饰分析
分析流程:
图释:lc-ms mrna修饰检测服务流程图。
number | nucleoside | symbol | number | nucleoside | symbol |
---|---|---|---|---|---|
01 | 3′-o-methyladenosine | 3′-omea | 19 | 1-methylguanosine | m1g |
02 | 2′-o-methylcytidine | cm | 20 | 7-methylguanosine | m7g |
03 | 5-methylcytidine | m5c | 21 | n2-methylguanosine | m2g |
04 | n6-isopentenyladenosine | i6a | 22 | 3′-o-methylinosine | 3′-omei |
05 | 5,2′-o-dimethylcytidine | m5cm | 23 | 2-thiouridine | s2u |
06 | 1-methyladenosine | m1a | 24 | 4-thiouridine | s4u |
07 | 2-thiocytidine | s2c | 25 | 5-methyluridine | m5u |
08 | n2,n2,7-trimethylguanosine | m2,2,7g | 26 | n4-acetylcytidine | ac4c |
09 | n4-acetyl-2′-o-methylcytidine | ac4cm | 27 | 3′-o-methyluridine | 3′-omeu |
10 | n6-methyladenosine | m6a | 28 | 5-methyl-2-thiouridine | m5s2u |
11 | 3-methylcytidine | m3c | 29 | 5-methoxyuridine | mo5u |
12 | 3′-o-methylcytidine | 3′-omec | 30 | pseudouridine | ψ |
13 | 2′-o-methyladenosine | am | 31 | 2′-o-methylinosine | im |
14 | n2,n2-dimethylguanosine | m22g | 32 | 3-methyluridine | m3u |
15 | 5′-o-methylthymidine | 5′-omet | 33 | 3′-o-methylguanosine | 3′-omeg |
16 | 2′-o-methyluridine | um | 34 | 1-methylpseudouridine | m1ψ |
17 | inosine | i | 35 | 5-hydroxymethylcytidine | hm5c |
18 | 2′-o-methylguanosine | gm | 36 | 5,2′-o-dimethyluridine | m5um |
1. 修饰定量分析
图释:mrna修饰数量分析图。
2. 总离子流程图
图释:总离子流程图
3. 不同离子对合并peak图
优化的前期处理与agilent优质设备,确保了各修饰碱基之间具有很好的区分度。
图释:不同离子对合并peak图。
4. 差异性mrna修饰
对不同样本间的修饰丰度进行比较分析,发现具有差异修饰的核苷酸。这些修饰的差异可能导致mrna在成熟、稳定性以及翻译等方面明显的差异。
图释:mrna修饰heatmap图。