merip-pcr技术服务

• 简介
• 服务特点
• 样本要求
• 结果展示

• 对差异m6a基因/转录本进行qpcr验证是表观转录研究必不可少的步骤。康成生物提供与merip-seq相对应的merip-pcr服务，保证最优的实验流程与最佳的技术方案。

  

  
  

  图一. merip-pcr实验流程图。

  
  

• 康成丨数谱生物服务特色：

  ●优化的实验流程
  ●特异性强的m6a抗体
  ●通过严格测试的引物

• 样本类型：新鲜组织、细胞或total rna
  样 本 量：≥120μg total rna或者能获得相应份量的组织细胞，最低浓度不低于50ng/μl
  样品质量：a260/a280为1.9~2.2；无基因组dna污染；rna无降解；
  样本运输：rna样品使用rnaase-free离心管保存，封口膜封口后干冰运输；组织细胞样品rnaase-free冻存管保存，干冰或液氮运输；
  

  
  

• merip-pcr既可对完整的m6a转录本（intact）进行检测，也可对该转录本的m6a修饰区域（m6a-deposited fragments）进行检测。

  

  
  

  
  

  图二. merip-pcr验证alkbh5敲除组（shalkbh5）与对照组（shctrl）之间m6a修饰转录本foxm1存在明显差异

        (zhang et al., 2017, cancer cell 31, 1–16)

  
  

  
  

  normalize each merip rna fractions’ ct value to the input rna fraction ct value for the same qpcr assay (δct) to account for chromatin sample preparation differences. calculate the % input for each merip fraction:

  %input=2^{(ct input-ct merip)}×fd×100% here, fd is input dilution factor.

  for example, if one- thirtieth of input mrna and one-fifth of merip mrna were used for qpcr assays, fd =5/30 =1/6  

     fold enrichment=2^{[ pos(ct input-ct merip)-neg (ct input-ct merip) ]}

  
  

  

  sample	input-ip			input-neg			ip/neg
  	input(ct)	ip(ct)	%	input(ct)	neg(ct)	%
  2fvector c1	27.515	32.061	0.71	27.515	na	0.01	61.35
  2f4e c3	27.287	32.885	0.34	27.287	na	0.01	34.65
  2fvector c5	26.652	25.811	29.85	26.652	na	0.01	4669.09
  2f4e c6	26.018	25.145	30.52	26.018	na	0.00	7408.39
  2f4e c3/2fvector c1			0.48			0.85
  2f4e c6/2fvector c5			1.02			0.64