|
基因芯片技术服务 small rna修饰芯片 m6a单碱基分辨率芯片 mrna&lncrna表观转录组芯片 circrna表观转录组芯片 |
ngs测序技术服务 rna m6a甲基化测序（merip seq） |
lc-ms mrna碱基修饰检测 trna碱基修饰检测 |
pcr技术服务 merip-pcr技术服务 m6a绝对定量rt-pcr技术服务 m6a单碱基位点pcr（mazf酶切法）技术服务 |
|
基因芯片技术服务 dna甲基化芯片 dna羟甲基化芯片 chip-chip |
ngs测序技术服务 dna甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 dna 5hmc 测序（化学法） dna甲基化测序 dna羟甲基化测序 染色质免疫共沉淀测序 |
pcr技术服务 medip-qpcr hmedip-qpcr chip-qpcr |
|
蛋白相对定量 tmt标记定量技术 非标定量技术 |
蛋白修饰 tmt标记定量磷酸化 非标定量磷酸化 |
rna/蛋白-蛋白相互作用 rna-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
对差异m6a基因/转录本进行qpcr验证是表观转录研究必不可少的步骤。康成生物提供与merip-seq相对应的merip-pcr服务，保证最优的实验流程与最佳的技术方案。
图一. merip-pcr实验流程图。
康成丨数谱生物服务特色：
●优化的实验流程
●特异性强的m6a抗体
●通过严格测试的引物
merip-pcr既可对完整的m6a转录本（intact）进行检测，也可对该转录本的m6a修饰区域（m6a-deposited fragments）进行检测。
(zhang et al., 2017, cancer cell 31, 1–16)
normalize each merip rna fractions’ ct value to the input rna fraction ct value for the same qpcr assay (δct) to account for chromatin sample preparation differences. calculate the % input for each merip fraction:
%input=2(ct input-ct merip)×fd×100% here, fd is input dilution factor.
for example, if one- thirtieth of input mrna and one-fifth of merip mrna were used for qpcr assays, fd =5/30 =1/6
fold enrichment=2[ pos(ct input-ct merip)-neg (ct input-ct merip) ]
|
sample |
input-ip |
input-neg |
ip/neg |
||||
|
input(ct) |
ip(ct) |
% |
input(ct) |
neg(ct) |
% |
||
|
2fvector c1 |
27.515 |
32.061 |
0.71 |
27.515 |
na |
0.01 |
61.35 |
|
2f4e c3 |
27.287 |
32.885 |
0.34 |
27.287 |
na |
0.01 |
34.65 |
|
2fvector c5 |
26.652 |
25.811 |
29.85 |
26.652 |
na |
0.01 |
4669.09 |
|
2f4e c6 |
26.018 |
25.145 |
30.52 |
26.018 |
na |
0.00 |
7408.39 |
|
2f4e c3/2fvector c1 |
|
0.48 |
|
0.85 |
|
||
|
2f4e c6/2fvector c5 |
|
1.02 |
|
0.64 |
|
||
