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基因芯片技术服务 small rna修饰芯片 m6a单碱基分辨率芯片 mrna&lncrna表观转录组芯片 circrna表观转录组芯片 |
ngs测序技术服务 rna m6a甲基化测序（merip seq） |
lc-ms mrna碱基修饰检测 trna碱基修饰检测 |
pcr技术服务 m6a绝对定量rt-pcr技术服务 m6a单碱基位点pcr（mazf酶切法）技术服务 |
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基因芯片技术服务 dna甲基化芯片 dna羟甲基化芯片 chip-chip |
ngs测序技术服务 dna甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 dna 5hmc 测序（化学法） dna甲基化测序 dna羟甲基化测序 染色质免疫共沉淀测序 |
pcr技术服务 medip-qpcr hmedip-qpcr chip-qpcr |
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蛋白相对定量 tmt标记定量技术 非标定量技术 |
蛋白修饰 tmt标记定量磷酸化 非标定量磷酸化 |
rna/蛋白-蛋白相互作用 rna-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
一直以来，在单碱基分辨率水平检测m6a存在诸多技术难点。再加上携带m6a的mrna/lncrna丰度较低、m6a甲基基团的反应惰性以及m6a附近rna结构的干扰等因素，使得在单碱基水平检测m6a愈发困难[1]。目前广泛应用的m6a/merip-seq技术利用m6a抗体对携带m6a修饰的rna片段进行免疫共沉淀，然后进行rna测序，将m6a定位在200 nt范围以内[3, 4]。尽管这些技术使得分析m6a表观转录谱成为可能[5-9]，但它们既不能精确定位merip-seq peak里实际发生m6a修饰的腺苷酸，也不能对每个修饰位点进行定量[1]。因此，为了进一步深入了解m6a表观转录组学的生物学功能与分子机制，亟待新的技术，能够在单碱基水平确定m6a的修饰状态和修饰比例。为此，arraystar开发了m6a单碱基分辨率芯片平台，可在单碱基水平定位m6a修饰，并对修饰位点进行定量。
有限的特异性与灵敏度
由于m6a抗体可能与其它类似修饰（比如m6am）发生交叉反应[4, 5, 11, 12]，因此其反应特异性有限。另外，由于缺少正交实验技术的结果作为独立参考，以m6a抗体为基础的检测技术的灵敏度尚未接受过系统性评估。芯片作为一种抗体非依赖的方法，可满足此类评估需求[5]。
arraystar凯发app的解决方案：与以m6a抗体免疫共沉淀为基础的merip或miclip等技术不同，芯片利用了rna酶mazf对m6a的敏感性，提供了一种不依赖于抗体的系统性检测m6a的方法。
有限的分辨率
经典的m6a-seq技术可将m6a定位到三碱基至数十碱基的序列窗口内[13, 3, 4, 5]。一些改进方法（比如miclip-seq）通过将m6a抗体和其结合的rna交联，从而在修饰位点附近诱导序列突变或发生截断，可实现近乎单碱基分辨率的检测水平[12, 14]。然而，这些突变或截断类型十分复杂，不同位点之间差异很大，常分散在3~4碱基的序列窗口内[12, 14]。
arraystar凯发app的解决方案：对经mazf酶处理的，因具有m6aca序列而未被切割的rna片段，以及未经mazf酶处理的input rna，进行双色标记，然后与arraystar单碱基分辨率芯片杂交，从而得到单碱基分辨率水平的m6a定量值。
无法进行m6a定量
m6a/merip-seq技术不能对m6a进行定量，无法检测m6a修饰位点的修饰比例。这些信息的缺失严重阻碍了m6a位点的功能探究，以及回答应激条件下m6a如何通过被添加、识别或移除而实现动态调控等问题[7, 15, 16]。
arraystar凯发app的解决方案：根据每个被检测位点的双色杂交信号，可以对m6a的修饰比例和丰度进行定量，解决了检测m6a动态变化这个长期未得到满足的需求。
需要大量rna样本
m6a/merip-seq实验需要大量的rna样本（> 120 ug总rna）[3, 4, 12-14]，不适用于来源有限的样本，比如珍贵的临床样本，特别是组织部位或低产量筛选细胞。尽管一些改进方法已大幅减少了m6a/merip-seq实验所需的rna量[17, 18]，目前尚无方法可在单碱基分辨率水平检测这些限量样本的m6a表达谱。
凯发app的解决方案：
arraystar芯片所需的样本量低至1 ug总rna。mazf酶具有高灵敏度和特异性，对ng或pg级别的微量rna也能正常发挥功能。由于不包含免疫沉淀步骤，这种方法简单便捷，且所需的rna量大大减少，适用于稀有样本，珍贵病理样本，尤其是组织部位、低产量的筛选细胞以及小的动物模型样本等。
arraystar m6a单碱基分辨率芯片与merip-seq技术比较
参考文献
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