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基因组结构
根据lncrnas在基因组上相对于蛋白编码基因的位置关系，可以系统的将其分为 （1） intergenic （lincrna），（2） intronic，（3） bidirectional，（4） sense-overlapping，（5） antisense ，（6） pseudogene这6种类型 （图 1），这种位置关系对于推测lncrna的功能具有很大帮助，包括调控方式是顺式（cis）还是反式（trans），调控层面是转录还是转录后。
图释：上：lncrnas分类及和临近基因位置关系图。下：lncrnas可能通过多种机制调控基因表达，比如招募染色质修饰物/重塑，即通过表观修饰调控基因表达；通过增强子rnas、核亚结构、核质转运、cerna机制或者mrnas稳定和翻译，在转录和转录后水平顺式或者反式发挥调控功能。
高度保守的lncrnas
基因组中高保守区域（ucr） 或高保守非编码元件（ucnes） 转录出来的lncrnas可能具有重要的生物学功能。在其他物种中与人类基因组结构相同的lncrnas（即使只有中度同源）也会被收录。因为与全序列保守性相比，基因组结构与基因调控的关系更加密切[1]。
组织特异性lncrnas
lncrnas呈现出严格的组织或时序特异性，可能与其发挥的功能密切相关[1]。其中特别标示出6,059个与细胞谱系或癌症相关的lncrnas分子[2]。
疾病相关 lncrnas
包含了lncrnadisease数据库中收录的已知与疾病相关的lncrnas [3]。
疾病snp相关lncrnas
覆盖带有疾病易感位点的lncrnas ，可能与疾病发生发展密切相关。
在生物学功能中lncrnas和mrna的共表达
收录了与生物学过程或功能基因集相关的lncrnas （例如，血管生成、缺氧、代谢、增殖、细胞周期、细胞黏附、dna损伤修复） [2]。
癌症相关lncrnas
lncrnas可以在不同类型癌症中发挥作用， 通过上千例癌症样本中lnrna的大范围研究表明，其表达量发生了癌症特异性改变。 [4-5].
基因间超长链非编码rnas (vlincrna)
长度从50 kb到1 mb，作用涉及多种生物学过程，例如多能性、癌症、细胞凋亡、细胞周期以及细胞衰老 [6, 7-8].
其他类型
例如，缺氧诱导型非编码高保守转录本（hincuts） [9]，压力诱导型长链非编码转录本 （lsincts） [10]。
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参考文献
1. cabili, m.n. et al. （2011） genes dev 25（18）:1915-27[pmid: 21890647]
2. iyer m.k. et al. （2015） nat. genet. 47（3）:199-208 [pmid: 25599403]
3. chen g. et al. （2013） nucleic acids res. 41（database issue）:d983-6 [pmid: 23175614]
4. st laurent g. et al. （2015） trends genet. 31（5）:239-51 [pmid: 25869999]
5. yan x. et al. （2015） cancer cell 28（4）:529-40 [pmid: 26461095]
6. clark m.b. et al. （2015） nat. methods 12（4）:339-42 [pmid: 25751143]
7. hackermuller j. et al. （2014） genome biol. 15（3）:r48 [pmid: 24594072]
8. st laurent g. et al. （2013） genome biol. 14（7）:r73 [pmid: 23876380]
9. ferdin j. et al. （2013） cell death differ. 20（12）:675-87 [pmid: 24037088]
10. silva j.m. et al. （2010） genomics 95（6）:355-62[pmid: 20214974]
