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基因芯片技术服务 m6a单碱基分辨率芯片 mrna&lncrna表观转录组芯片 circrna表观转录组芯片 |
ngs测序技术服务 rna m6a甲基化测序（merip seq） |
lc-ms mrna碱基修饰检测 trna碱基修饰检测 |
pcr技术服务 m6a绝对定量rt-pcr技术服务 m6a单碱基位点pcr（mazf酶切法）技术服务 |
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基因芯片技术服务 dna甲基化芯片 dna羟甲基化芯片 chip-chip |
ngs测序技术服务 dna甲基化测序 dna羟甲基化测序 染色质免疫共沉淀测序 |
pcr技术服务 medip-qpcr hmedip-qpcr chip-qpcr |
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蛋白相对定量 tmt标记定量技术 非标定量技术 |
蛋白修饰 tmt标记定量磷酸化 非标定量磷酸化 |
rna/蛋白-蛋白相互作用 rna-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
与具有详尽注释的蛋白编码基因不同， lncrnas常常缺乏注释，信息分散且收集不全。arraystar拥有高质量的转录组和lncrna数据库，通过生物信息学方法建立了科学、严谨的lncrna筛选流程。 arraystar人类lncrna v4.0芯片共收录了40,173 个lncrnas，主要分为两大类：7,506个金标准lncrnas和32,667个可靠的lncrnas，实现了对所有权威数据库（如refseq, uscs known genes, gencode, lincrna catalogs, lncrnadb, t-ucrs, rnadb, nred 等）、高水平文章和超过47 tb rna-seq数据中的lncrna最全面、最可靠和最及时的整理和收集。
金标准lncrnas
金标准lncrnas全部采用经过详细注释和实验验证确定的lncrnas，剔除了公共数据库中大量的lncrna部分片段、不完整的utrs和不可靠的lncrnas。金标准lncrnas具有完善的信息标注，包括转录单位、转录本异构体、功能机制以及亚细胞定位。它们的主要来源如下：
•lncrnadb v2.0汇集了功能性 lncrnas [1]；
•arraystar 筛选和收集了高水平文章中的lncrna；
•level 1 gencode v21 精心挑选了具有rt-pcr-seq方面实验数据支持的lncrnas [2]；
•refseq 严格筛选了可信度高、具有全长序列的lncrnas ；
•arraystar 通过encode cage clusters,，polya-seq，深度rna-seq以及capture seq获得的，具有5’tss、3’末端和表达量信息的全部lncrna转录本 [3, 4]。
可靠的lncrnas
除了金标准lncrna外，其他的 lncrna序列主要通过整合数据库和经典文献中的转录单位（transcription units）而获得。dna链的转录起始于dna模板的一个特殊起点，并在一个终点处终止，此转录区域称为转录单位。根据转录本长度、来源数据库和其他有效信息，每个转录单位挑选一个最具代表性的lncrna进行检测。最终从308,525个lncrna序列中筛选出32,667个可靠的 lncrnas分子。
相关服务
nrstartm human functional lncrna pcr芯片技术服务
参考文献
1. quek x.c. et al. （2015） nucleic acids res. 43（database issue）:d168-73 [pmid: 25332394]
2. howald c. et al. （2012） genome res. 22（9）:1698-710 [pmid: 22955982]
3. clark m.b. et al. （2015） nat. methods 12（4）:339-42 [pmid: 25751143]
4. iyer m.k. et al. （2015） nat. genet. 47（3）:199-208 [pmid: 25599403]
