arraystar 超级增强子lncrna芯片发布！-凯发app

arraystar 超级增强子lncrna芯片发布！

超级增强子lncrna（se-lncrna）是一类由超级增强子区域转录而来的lncrna。该lncrna与超级增强子一起，调控特定细胞谱系发育和身份决定过程中的基因表达。se-lncrna与多种疾病有关，许多病理性表型都伴随着se-lncrna表达水平的显著变化。se-lncrna表达水平检测对于研究超级增强子活性、功能机制和疾病相关性都十分必需。arraystar se-lncrna芯片可同时对se-lncrna以及受其调控的编码基因进行全面、系统的表达检测。arraystar se-lncrna芯片目前包含人和小鼠两个版本。康成生物独家为您提供arraystar公司超级增强子lncrna芯片全程一站式技术服务。

arraystar的se-lncrna芯片具有强大而可靠的se-lncrna收集与鉴定方法，该芯片的lncrna信息来自arraystar公司所专有的高质量的转录组与lncrna数据库，超级增强子区域信息来自dbsuper数据库，mapping到超级增强子区域的lncrna被鉴定为se-lncrna。

图1. arraystar se-lncrna芯片内容收集流程图

该芯片可同时检测se-lncrna及其靶基因的表达水平，可直观、精确的找到二者之间的调控关系。针对特定的外显子或剪接区域设计探针，特异性的区分se-lncrna的不同isoform（图2）。灵敏度高，可检测到细胞中的单拷贝转录本。

图2.探针#2可特异性的检测isoform ccat1-l

arraystar的se-lncrna芯片提供超级增强子、超级增强子lncrna与其靶基因的详尽注释信息。

图3.se-lncrna注释信息示例

超级增强子一般具有稳定性差、半衰期短的特点。它们能以极低的拷贝数发挥顺式作用，激活靶基因的表达。比如，se-lncrna hottip可激活hoxa基因簇，其在细胞中的平均拷贝数少于1。

为了精确地检测这些瞬时、低水平的se-lncrna，arraystar科学家开发了一套高效的线性扩增方法，能够为多聚腺苷化或非多聚腺苷化的转录本产生足量的荧光标记crna。在此过程中，将分别携带有t7聚合酶启动子序列的oligo(dt)和随机引物以经过优化后的比例混合，与rna一起退火，合成cdna第一链，随后与5’接头一起退火，合成双链cdna，然后进行pcr扩增。最后，由t7 rna聚合酶进行体外转录，合成带有cy3或cy5标记的crna（图4）。

该标记方法极大的增加了低丰度或降解rna分子的crna产物，比传统方法提高了100多倍。

图4. arraystar公司 crna标记流程。(1) cdna第一链合成与5’接头退火。以携带有t7聚合酶启动子序列的oligo(dt)和随机引物混合物为反转引物，合成cdna第一链，并与5’接头退火，合成cdna第二链。(2) pcr扩增。使用rt引物和5’接头对双链cdna进行低循环数的pcr扩增。(3) 体外转录和标记反义rna (arna)。以cy3或cy5标记的核苷酸为底物，双链cdna为模板，使用t7 rna聚合酶进行体外转录，合成带有荧光标记的反义rna。线性扩增保留了原始转录本的相对水平和完整序列，且无3’偏好性。