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nrstar™ human trna repertoire pcr芯片

描述
芯片特点
工作流程
数据库
说明书

       转运rna（transfer ribonucleic acid，trna）是生物体内含量最为丰富的短链非编码rna分子。它携带并转运氨基酸，参与蛋白翻译，是连接mrna与蛋白质的重要桥梁。尽管trna广泛存在于生物体内，但不同机体基因组对于特定密码子的偏好性不同，从而导致trna表达谱的差异。密码子偏好性影响翻译效率和精确性[1-3]。因此，trna表达谱的改变对多种细胞生理过程有着显著影响。细胞增殖[4]、分化[4, 5]和凋亡[6]等一系列生命活动都伴随着trna水平的变化。另外，许多疾病也显示出trna水平和分布的紊乱。系列研究表明，trna谱的紊乱和肿瘤[5, 7-14]、ⅱ型糖尿病[15]、亨廷顿舞蹈症[16]、甲型h1n1流感[17]、天花[17]以及hiv感染[18]等疾病病理活动密切相关。因此，trna谱的研究对于深入了解人体生理及病理过程十分关键。
       pcr芯片是研究特定类群基因最为可靠的手段。arraystar nrstar™ human trna repertoire pcr array包含66对细胞核trna引物和22对线粒体trna引物，覆盖了gtrnadb和trnadb两个数据库的所有反密码子信息。此芯片是研究人类trna谱方便有效的工具。
       为了保证数据的可信度，pcr芯片采用3个短链非编码rna作为内参对照，使用rna spike-in对cdna合成和pcr效率进行评估。同时，芯片包含的基因组dna对照(genomic dna control，gdc)可以监控实验过程中基因组dna污染。另外，pcr阳性对照(positive pcr control, ppc)能够有效的评估pcr效率，并进行板间校正，消除不同批次芯片板之间的实验误差。
       众所周知，trna具有大量种类繁多的转录后修饰，这些修饰对trna发挥功能起着关键作用。然而，这些修饰会严重影响trna cdna的合成质量。arraystar公司专门开发的trna反转录试剂盒(rtstar™ trna-optimized first-strand synthesis kit)，能够有效消除这些修饰对cdna合成的影响，极大提高trna cdna质量。与该试剂盒组合使用，研究人员能够获得更为真实的trna谱的变化状况，为研究蛋白质组或trna来源片段(trfs)提供重要信息。在后续研究中，敲低trna[19]或过表达trna [5, 20, 21]可以进一步揭示trna谱在细胞生命活动中的作用。其他用于研究非编码rna的相关技术也适用于trna的后续研究。

产品列表

产品名称	规格	描述
nrstar™ human trna repertoire pcr array	2 plate	包含66对细胞核trna引物和22对线粒体trna引物
nrstar™ human trna repertoire pcr array	6 plate
nrstar™ human trna repertoire pcr array	12 plate

● 囊括了gtrnadb和trnadb两数据库中的所有细胞核和线粒体反密码子信息
● 涵盖了实时荧光定量pcr所能够区分的所有trna信息
● 利用alkb酶处理来降低trna修饰对于cdna合成的影响
● 在大量组织与细胞中验证有效的引物
适用实时定量荧光pcr仪：
abi viia™ 7, abi 7500 & abi 7500 fast, abi 7900ht, abi quantstudio™ 6 flex real-time pcr system, abi quantstudio™ 7 flex real-time pcr system, abi quantstudio™ 12k flex real-time pcr system, bio-rad cfx384, bio-rad icycler & iq real-time pcr systems, eppendorf realplex, qiagen rotor gene q 100, roche lightcycler 480, stratagene mx3000, roche lightcycler 480
trna反密码子信息(gtrnadb和trnadb数据库):
细胞核trnas (66):
ala-agc,ala-cgc,ala-ggc,ala-tgc,arg-acg,arg-ccg,arg-cct,arg-tcg,arg-tct,asn-att,asn-gtt,asp-atc,asp-gtc,cys-gca,gln-ctg-1,gln-ctg-2,gln-ttg-1,gln-ttg-2,glu-ctc,glu-ttc,gly-ccc,gly-ccc-1,gly-gcc,gly-tcc,his-gtg,ile-aat,ile-tat,ini-cat,leu-aag,leu-caa,leu-cag,leu-taa,leu-tag,lys-ctt-1,lys-ctt-2,lys-ttt,met-cat,phe-gaa,pro-agg,pro-cgg,pro-ggg,pro-tgg,sec-tca,ser-act,ser-aga,ser-cga,ser-gct,ser-gga,ser-tga,sup-cta,sup-tta,thr-agt-1,thr-agt-2,thr-cgt,thr-tgt-1,thr-tgt-2,trp-cca,tyr-ata,tyr-gat,tyr-gta,val-aac,val-cac-1,val-cac-2,val-cac-3,val-tac-1,val-tac-2,
线粒体trnas (22):
mt-ala-tgc,mt-arg-tcg,mt-asn-gtt,mt-asp-gtc,mt-cys-gca,mt-gln-ttg,mt-glu-ttc,mt-gly-tcc,mt-his-gtg,mt-ile-gat,mt-leu-taa,mt-leu-tag,mt-lys-ttt,mt-met-cat,mt-phe-gaa,mt-pro-tgg,mt-ser-gct,mt-ser-tga,mt-thr-tgt,mt-trp-tca,mt-tyr-gta,mt-val-tac,
康成使用arraystar的芯片为客户提供服务，以下为相关资料:

产品说明书：manual_nrstar™_human_trna_repertoire_pcr_array_v1.05

分析工具： analysis_tool_for_nrstar™_human_trna_repertoire_pcr_array_v1.0

分析工具说明书： instructions_of_human_trna_qpcr_data_analysis_tool