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基因芯片技术服务 dna甲基化芯片 dna羟甲基化芯片 chip-chip |
ngs测序技术服务 dna甲基化测序 dna羟甲基化测序 染色质免疫共沉淀测序 |
pcr技术服务 medip-qpcr hmedip-qpcr chip-qpcr |
| tmt标记定量技术 非标定量技术 |
蛋白修饰 tmt标记定量磷酸化 非标定量磷酸化 |
rna/蛋白-蛋白相互作用 rna-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
长链非编码rna (lncrna)是一类转录本长度超过200nt的rna，它们本身并不编码蛋白，而是以rna的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。近年来的研究表明：lncrna广泛参与各种信号通路，lncrna的异常表达与包括癌症在内的多种疾病密切相关。迄今为止，研究得比较透彻的lncrna还很少，超过99%的lncrna的功能和调控机制尚不清楚。为了促进lncrna的研究，arraystar公司开发了lncpathtm疾病/信号通路特异性lncrna芯片。lncpathtm芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的lncrna以及相应的靶基因，帮助客户快速的将lncrna的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。
康成生物是arraystar公司中国地区唯一代理商，为您提供一站式lncpathtm芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。
1. 对疾病/信号通路特异性lncrna可靠的收集
lncpathtm芯片通过整合权威数据库，经典文献和arraystar lncrna数据库等资源，对疾病/信号通路特异性的lncrna进行了全面，可靠的收集，涵盖的lncrna主要有：1）疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的邻近lncrnas；2） 疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的长链非编码cernas；3） 已知的与特定疾病或信号通路相关的lncrnas。
图1. lncpathtm芯片的lncrna收集流程。
2. 快速的建立lncrna调控机制与其生物学功能之间的联系
lncpathtm芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的lncrna以及相应的靶基因，并且对lncrna和靶基因的关系进行了详细的注释，能够帮助客户快速的将lncrna的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。
图2.通过lncpathtm芯片建立lncrna的调控机制与其生物学功能之间的联系。
3. 图形化的展示lncrna及其靶基因的信息
lncpathtm芯片提供lncrna及其靶基因信息的图形化展示，通过图形化展示客户可以迅速了解lncrna及其靶基因的关系（图3），方便后续的机制和功能研究，这些图形化展示结果都可以通过arraystar网站免费获得。
图3.可能调控wnt信号通路中的关键基因ccnd2的lncrnas详细信息。
4. 创新性的探针设计
lncpathtm芯片采用了创新性的探针设计：针对每个lncrna设计转录本特异的lncrna探针，保证对lncrna的准确检测。针对每个蛋白编码基因设计两种探针：基因探针和转录本特异性探针。基因探针用于检测基因水平的表达情况，它的信号可以用来表征邻近lncrna或其它lncrna通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。转录本特异性探针用于检测此基因的经典转录本的表达，它的信号可以用来表征长链非编码cerna或其它lncrna通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响（图4）。
图4. lncrna探针：转录本特异性探针，可以准确的检测lncrna
基因探针：用于检测蛋白编码基因在基因水平的表达情况。它的信号可以用来表征邻近lncrna或其它lncrna通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。
转录本特异性探针：用于检测蛋白编码基因在转录本水平的表达情况。它的信号可以用来表征长链非编码cerna或其它lncrna通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响。
5. 高效、稳定的标记系统
lncpathtm芯片采用了一种高效，灵活的标记系统（图5）。这种标记方法不但可以同时标记带polya尾巴和不带polya尾巴的转录本，还可以极大的增加低丰度rna和降解rna的crna产率，灵敏度比常规标记方法高100倍以上。
图5.高效，灵活的标记系统。
6. 可靠的芯片性能
高灵敏度：能准确检测跨域5个数量级的低丰度rna（图6）
图6. lncpathtm芯片具有跨越超过5个数量级的检测范围。横轴代表spike-in浓度的log值，纵轴表示spike-in芯片信号（log2转化后）。
7. 高重复性：arraystar circrna芯片实验的技术重复组之间具有很好的相关性（r2>0.9）（图7）
图7. lncpathtm芯片技术重复间的散点图。分别用同样的样品在不同两天进行芯片标记和杂交反应，并根据芯片信号做出散点图，从图中可以看出：芯片间的相关性非常高（r2>0.9），说明lncpathtm芯片平台重复性很好，非常稳定。
1.样品总rna抽提
若实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的rna抽提试剂trizol（invitrogen），匀浆后抽提rna。
若实验对象为细胞样品，每份样品取1×106~1×107细胞，完全吸去培养液后加1ml的rna抽提试剂trizol（invitrogen），裂解后抽提rna。
2. rna质量检测
使用nanodrop测定rna在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。
使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测rna纯度及完整性
3.加入spike-in内参
4. cdna样品合成和标记
5.标记效率质量检测
使用nanodrop检测荧光标记效率，以保证后续芯片实验结果的可靠性。
6.芯片杂交
在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
7.图像采集和数据分析
使用genepix 4000b芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
8.提供实验报告
芯片扫描图
实验方法中英文报告
rna质检报告
芯片数据结果报告，包括差异表达lncrna列表，差异表达基因列表，差异lncrna与相应靶基因的详细注释
→ circrna_100290 plays a role in oral cancer by functioning as a sponge of the mir-29 family. oncogene. 2017
→ detection and analysis of wnt pathway related lncrnas expression profile in lung adenocarcinoma. pathology & oncology research. 2016
→ aberrantly expressed long noncoding rnas are involved in sevoflurane-induced developing hippocampal neuronal apoptosis: a microarray related study. metabolic brain disease. 2016
