chip-qpcr

  • 简介
  • 技术特点
  • 技术服务流程
  •        康成生物提供chip-qpcr服务,能够检测特定转录因子/组蛋白修饰与已知基因启动子区域的结合;在已知启动子范围内寻找特定转录因子/组蛋白修饰的结合位点。

           chip-qpcr完美结合了chip技术和实时定量pcr技术。chip技术利用抗体特异性富集与特定转录因子/组蛋白修饰结合的dna片段;qpcr技术使用sybr荧光染料,非特异性的掺入dna双链,发射荧光,保证荧光信号的增加与pcr产物的增加完全同步,最后利用ct值进行定量分析。chip-qpcr能够专一,灵敏,快速,高重复地定量生物样品中特定转录因子/组蛋白修饰与已知基因启动子的结合。

  • ● 高特异性,针对感兴趣的基因启动子设计特异性的实时荧光定量pcr引物;

    ● 超宽的线性范围,可跨越7个数量级;

    ● 精确度高,重复性好;

    ● 灵敏度高


  • 实验流程

    a. 样品交联,甲醛处理细胞,交联dna与dna结合蛋白

    b. 超声打断染色质,裂解细胞,并以超声波将染色质打断成400-500bp的片段

    c. 染色质免疫共沉淀,将b所得片段分成两份,一份与特异性抗体进行免疫共沉淀(chip),另一份作为total input样品

    d. dna纯化,将c所得两份蛋白-dna复合物解交联,纯化分离dna片段。chip富集的dna片段(chip dna),total input样品中的dna片段(total input dna)

    e. 实时荧光定量pcr检测



    数据处理

      ● total input dna样品作为模板,用待测基因特异性引物进行qpcr,检测得到ct值(input)

      ● chip dna样品作为模板,用待测基因特异性引物进行qpcr,检测得到ct值(chip)

      ● 待测基因免疫共沉淀的效率(chip / total input)可通过以下公式计算:

        %(chip / total input) = 2^[ ct (input)- ct (chip) ] * 100